В 1792 году В.П. Кочубей был отозван из Англии в Санкт-Петербург, а в октябре – назначен чрезвычайным посланником России в Константинополе. Верховная власть по достоинству оценила его дипломатическую работу: в 1795-м он был награжден орденом Св. Владимира 2-й степени, а в начале 1797 года назначен членом Коллегии иностранных дел и удостоен ордена Св. Александра Невского.
Летом 1798 года Кочубей возвратился в Санкт-Петербург и вскоре получил чин действительного тайного советника и назначение на должность вице-канцлера Коллегии иностранных дел. В этом качестве он руководил подготовкой к подписанию договоров России с Неаполем, Англией, Португалией, Баварией. Весной 1799-го император Павел I объявил о даровании Кочубею титула графа, но вскоре, в августе того же года, отстранил его от службы. После выхода в отставку Кочубей несколько месяцев провел в своем имении, а весной 1800 года уехал за границу.
Новый этап в его жизни начинается после прихода к власти молодого императора Александра I. Получив известие о скоропостижной смерти Павла I, Кочубей незамедлительно прибывает в Петербург. С этого момента он меняет направление служебной деятельности и свое основное внимание концентрирует уже не на вопросах внешней политики, а на разработке необходимых России преобразований. Об этом он писал императору в мае 1801 года, предлагая принять ряд мер по упорядочению системы управления и повышению ответственности чиновников. По его мнению, следовало упразднить введенную Павлом практику ежедневных личных приемов министров, что неизбежно способствовало бы повышению их самостоятельности в решении текущих вопросов.
По распоряжению Александра I в июле 1801 года Виктор Павлович был принят на службу в 1 департамент Сената с особым предписанием – находиться при Его Императорском Величестве. Хотя в сентябре того же года он был вновь назначен вице-канцлером и членом Коллегии иностранных дел, важнейшим для него остается разработка в «Негласном комитете» плана предстоящих преобразований. В состав этого неофициального кружка приближенных друзей императора, как известно, входили граф П.А. Строганов, Н.Н. Новосильцев и А. Чарторыйский. Присоединенный по приглашению Александра I к этому «триумвирату» Кочубей становится активным участником обсуждения вопросов реформирования системы центральных органов государственной власти, разработки общих подходов к решению крепостного вопроса, определению приоритетных направлений внешней политики.
Император по достоинству оценил умение В.П. Кочубея четко формулировать свои мысли, способность видеть в любом теоретическом положении возможность практического применения, а главное – стремление анализировать вероятные последствия предполагаемых преобразований. Все это способствовало привлечению Кочубея на целый ряд официальных должностей. В соответствии с указом и декабря 1801-го он был включен в состав Непременного совета, а в 1802–1807 годах был министром внутренних дел и одновременно председателем Комитета для составления положения о лифляндских и эстонских крестьянах (с 1803-го). С 1805 года Кочубей участвует в работе Комитета для совещания по делам сохранения всеобщего спокойствия и тишины граждан и облегчения народного продовольствия на время отсутствия императора в столице. Позднее, по распоряжению императора от 13 января 1807 года, возглавляет Комитет охранения общественной безопасности. В 1809-м он становится председателем Комитета для изыскания средств к восстановлению равновесия в бюджете, а с начала 1810 года активно участвует в работе Государственного совета.