Тем не менее грамота имела ряд недостатков. Киево-могилянская коллегия так и не была наименована в ней «Академией», да и неподсудность ее членов другим судебным органам нуждалась в более четкой фиксации, при том, что киевские власти немедленно пытались оспорить судебные права академии и требовали привлечения студентов за их проступки, прежде всего воровство, к светскому городскому суду, тогда как известия о судебных привилегиях коллегии способствовали быстрому росту числа воспитанников и, как следствие, увеличению количества их проступков.[394]

Все это вылилось в ряд конфликтов между киевскими мещанами и коллегией в 1690-е гг. Жалобы обеих сторон достигли двора царя Петра Алексеевича, который первоначально признал правоту киевлян и разрешил предавать виновных студентов «суду ректора и учителей», если те их накажут – если же нет, то велел вести их в приказ и там «чинить достойное наказание».[395] В ответ учителя и студенты «били челом, что Академия их Киево-Могилянская, от прежнего своего основания будучи равными привилеями, как обыкновенно иным академиям во всех государствах иноземческих право свободность имети, подтверждена, ныне не свободна есть, но под игом тяжкой обиды пребывает от мещан киевских».[396] Из этой челобитной видно, что члены коллегии основывали свои права не только на Жалованной грамоте 1694 г., но и на прежних актах Речи Посполитой, в том числе направленном против России Гадячском договоре, по понятным соображениям не называя его.

Надо сказать, что Петр по-своему оценил апелляцию к правам европейских университетов, заявив, что в других государствах «студентам всяких наук дано свободное учение, а грабежей и иных дурностей быти не допущают». Но в результате, по ходатайству киевского митрополита о «подаянии полномощной грамоты и крепости», поддержанному ставшим в 1700 г. местоблюстителем патриаршего престола Стефаном Яворским, Киево-могилянская коллегия получила новую грамоту царя Петра от 26 сентября 1701 г., где подтверждался суд ректора и префекта над студентами и другие права Академии. Само это название впервые употреблено именно в данной грамоте (правда, во фразе, цитирующей упомянутую челобитную).[397]

Назначение в конце 1700 г. Стефана Яворского, бывшего префекта Киево-могилянской коллегии, местоблюстителем патриаршего престола означало наивысшую фазу влияния киевских монахов не только на церковные, но и на образовательные дела в Москве. Накануне этого события состояние московской славяно-греко-латинской школы было плачевным, и царь Петр, вернувшись из Великого Посольства, имел в конце 1698 г. известный разговор с патриархом Адрианом о том, что в Москве хотя «благодатию Божиею и есть школа, и тому бы делу порадеть можно, но мало которые учатся, что никто школы как подобает не надзирает», так что для подготовки образованного духовенства необходимо посылать учиться в Киев. Тем не менее было бы правильно, если и из московской школы «во всякия потребы люди благоразумно учася происходили, в церковную службу, и в гражданскую, воинствовати, знати строение и докторское врачевское искусство».[398]

Близким следствием этого разговора явилось коренное преобразование училища в Заиконоспасском монастыре. Оно не только получило название Московская академия (по примеру Киевской), но и в соответствии с широкой программой, прозвучавшей в словах царя Петра, рассматривалось как государственный университет. Изменение статуса и программы происходило в соответствии с царским указом от 7 июля 1701 г., которым Московская Академия передавалась в ведение Стефана Яворского. Его стараниями сюда перешли несколько профессоров и десятки учеников из Киева. Ректором Академии в период преобразований стал Палладий Роговский, учившийся в иезуитских академиях Вильны, Ольмюца, Рима и получивший там степень доктора философии и богословия. К 1704 г. реформа завершилась и привела к тому, что в Заиконоспасском монастыре возникла полная копия Киевской академии – как по организационному устройству, так и по программе преподавания, и именно эта форма высшего учебного заведения развивалась здесь дальше в течение XVIII в.