Названное постановление определило программу преподавания Киевской коллегии на протяжении первых пятидесяти лет ее истории. Организатором учебного процесса выступил первый ректор Исайя Трофимович-Козловский (1632–1638). Как и в лаврской коллегии в 1631/32 г., за образец был принят учебный план иезуитов, которому в Киеве последовали буквально: из семи лет обучения три низших класса были грамматическими (инфима, медиа, синтаксима), затем шли класс поэтики и класс риторики и, наконец, двухгодичный класс философии (диалектика и логика, физика и метафизика)[311]. В Ratio Studiorum это соответствовало гимназическому курсу studia inferiora и двухлетнему философскому циклу из studia superiora. Помимо лекций, формами обучения являлись, как и у иезуитов, диспуты и спектакли[312]. Впрочем, в сравнении с иезуитскими училищами курсы риторики и философии в Киевской коллегии были заметно сокращены, а в 1651–1672 гг. класс философии вообще отсутствовал и преподавание заканчивалось риторикой.[313] Это означало, что в эти годы Киевская коллегия по объему преподавания соответствовала средней школе (гимназии), да и появлявшийся в другие годы философский цикл был неполным – в нем не хватало курсов математики и нравственной философии. Это, и, главное, отсутствие высших богословских наук пока не позволяло Киевской коллегии претендовать на звание академии.
Правовой статус коллегии в первые полвека, несмотря на королевский диплом 1635 г., также еще был далек от традиционных привилегий, присущих академии. Училище не имело права собственного суда – «академической свободы», хотя оно являлось насущным требованием в условиях продолжающихся межконфессиональных столкновений в Киеве. Это ясно показала история, случившаяся в 1640 г. и причинившая много горя Петру Могиле: в отсутствие митрополита в городе киевский воевода Тышкевич арестовал и через короткое время приказал казнить одного из студентов по ложному обвинению в разбое, «чтобы студенты, устрашившись, разбежались по другим училищам».[314] Тот же Тышкевич с целью борьбы с православием водворил в Киеве иезуитов, а основанная ими в 1646 г. коллегия, получив от короля право собственного суда, начала перетягивать студентов из могилянской коллегии, «для того что который студент что в Коллегиуме русском преступил, тот, за свое преступление наказания бояся, сразу в Коллегиум иезуитский утекал и уже безопасным там был».[315] Правда, соперничество длилось недолго, поскольку в 1648 г. Киевская иезуитская коллегия была разгромлена войсками Хмельницкого.
Хотя внешние корпоративные права могилянской коллегии были недооформлены, но ее внутреннее устройство приближалось к иезуитским учебными корпорациями, а тем самым, и к католическому университету вообще. Административные должности в Киевской коллегии были позаимствованы у иезуитов.[316] В самом деле, во главе коллегии стоял ректор, который назначался и непосредственно подчинялся митрополиту Петру Могиле (занимавшему в управлении коллегией положение, аналогичное орденскому генералу). Ректор обыкновенно совмещал свою должность с постом игумена братского монастыря и преподавал в самом высоком из имеющихся на текущий момент в коллегии классов. В его обязанности входило составление учебного плана, распределение учителей по классам, контроль за проведением диспутов и экзаменов. Срок ректорства не был точно определен, но, как правило, колебался от 3 до 7 лет: многие из начальствовавших в Киевской коллегии священнослужителей после этого срока или уходили на покой, или переходили в другие монастыри и школы, а иногда, напротив, продолжали духовную карьеру и становились епископами.