Семен Герасимович организовал при Московском университете медицинские консультативные курсы, чтобы студенты, наряду с теоретическими знаниями, могли применять их на практике. До этого времени при университете не имелось вообще специализированных клиник. Негде было заниматься практической медициной.

С. Г. Зыбелин многократно выступал в университете по различным вопросам медицины. Эти речи («Слова») имели целью пропаганду медицинских сведений среди различных слоев населения. Все его «Слова» печатались и становились доступными. Темы речей С. Г. Зыбелина были самыми разнообразными, например, «О пользе прививки оспы», «О правильном воспитании с младенчества в рассуждении тела, служащем к размножению в обществе народа». Семен Герасимович считал, что наука должна познать не только «внешнюю красоту» окружающих века явлений, но и внутреннее содержание, природные связи. Он был последователем М. В. Ломоносова и утверждал, что в основе наших знаний должны лежать опыты и наблюдения, их осмысленное восприятие.

В его трудах впервые в отечественной литературе (1767) придавалось большое значение физическим упражнениям и закаливанию для физического развития человека, сохранения и укрепления здоровья, для лечения болезней. Эти работы стали в дальнейшем основополагающими для создания П.Ф. Лесгафтом теории физического воспитания в России.

В «Слове о действии воздуха в человеке и путях, которыми в него входит» С. Г. Зыбелин указал на единство человека с окружающим миром, подчиняемость его законам природы.

Как гражданин и патриот России С. Г. Зыбелин не остался в стороне во время вспыхнувшей эпидемии чумы в Москве.

Он был среди тех, кто участвовал в работе госпиталей и больниц, при этом проявил незаурядное мужество и самоотверженность. Более 37 лет С. Г. Зыбелин отдал делу обучения и воспитания собственных российских кадров.

В течение 15 лет он состоял бесплатным врачом при университетской больнице; завещал университету свою библиотеку, которая была передана Физико-математическому обществу. На его надгробии выбита эпитафия::

С. Г. Зыбелин был первой ласточкой, «прирожденным русским», ратовавшим за самостоятельное развитие отечественной медицины и этому посвятил свою жизнь.

«Я направляю режим больных им на пользу, сообразно моим силам и разумению, воздерживаясь от причинения какого-либо вреда или несправедливости. Я недам никому просимого смертельного средства и не укажу пути к такой цели… Чисто и свято буду проводить свою жизнь и свое искусство.

В какой бы дом я ни вошел, я войду туда для пользы больного, будучи далек от всего умышленно несправедливого и пагубного…

Мне, исполняющему и не нарушающему клятву, да будет счастье в жизни и в искусстве и слава у всех людей на вечные времена; преступающему же и дающему ложную клятву да будет обратное этому».

Эту знаменитую клятву Гиппократа всегда свято соблюдал и следовал ей Матвей Яковлевич Мудров (1776–1831), великий русский терапевт. Именно он возродил комплексный подход к лечению, знакомый врачам античности, отвергнутый затем и забытый. М. Я. Мудров разработал принципы и правила диагностики и лечения, придерживаясь точки зрения Гиппократа и «гиппократиков»: «Только наблюдения за больными, их изучение, обобщение и накопление практического опыта, а не умозрительные сентенции помогают истинному распознаванию болезней и их лечению».