С началом правления династии Романових (1613) укрепляются основы феодального строя. В 1619 году из польского плена вернулся отец царя Михаила Романова Федор, постриженный Борисом Годуновим в монахи под именем Филарета. Он лично занимался делами «Посольского приказа» и даже разрабатывал дипломатические шифры. Шифры, которые применялись в то время, были шифрами простой замены и перестановки.

Сами перестановки были достаточно простыми. Например, открытый текст разбивался на слоги, после чего в них осуществлялась перестановка букв. Так слово «УЖГОРОД» превращалось в слово «ЖУОГДОР».

В 1633 году патриарх Филарет написал «для своих государевых и посольских тайных дел» особенную азбуку и «состав затейным письмом». Сохранился приказ российскому представителю в Швеции Д.Францбекову, из которого видно, что при составлении сообщений царю посол должен был использовать тайнопись. Приказ заканчивался таким образом: «Да что эвон, Дмитрий [Францбеков], будучи в Свее [Швеции], по сему тайному приказа о тех или иных о наших тайных делах и наших тайных вестей проведает и эму обо всем писать ко государю царю и большому князе Михаилу Федоровичу всея Руси к Москве по сему государева тайному приказа затейным закрытым письмом».

До наших времен дошел черновик этого приказа, в котором слово «затейным» зачеркнуто и заменено «закрытым». Следовательно, можно прийти к выводу, что в России тайнопись превратилась в одно из средств сохранения государственных тайн.

Так, в инструкции российскому агенту в Швеции Дмитрию Андрееву говорилось: «Лета 7143 (1653) декабря 15 день… А о том тайные дела и о затейное письме подъячий Иван Исаков и иной никто отнюдь не ведал, и чёрные о сих тайных делах тем же затейным письмом держат в себя бережно, чтоб о тех тайных делах и о то затейное письмо оприч его, Дмитрия, подъячий Иван Исаков и иной никто однолично не проведал».

Приведем также выдержку из присяги переводчика-шифровальщика конца XVII века: «…ему всякие государственные дела переводит в правду, и с неприятелями государскими тайно никакими письмами не ссылаться и мимо себя ни через кого не посылать, и в Московском государстве с иноземцами о государственных делах, которые эму будут даны для перевода, ни с кем не разговаривать».

При усилении центральной власти в годы правления царя Алексея Михайловича (1629-1676) применение шифров распространяется. В 1654 году царь образовал «Приказ большого государя тайных дел», которым руководил лично, а бояре к тайным делам не допускались. Как писал Г.Котошихин, «А устроен тот Приказ при нынешнем царе, для того чтоб его царская мысль и дела исполнилися все по его хотению, а бояре бы и думные люди о том ни о чем не ведали».

Главное должностное лицо приказа – «Тайный дьяк» – имел титул «дьяка в государевом имени», что означало право подписывать указы от имени царя. Главной задачей приказа был негласный контроль за высшими должностными лицами. «Подъячие приказа» присматривали за воеводами во время войны и посылались с посольствами за границу: «и то подьячие над послы и над воеводами подсматривают и царю приехав сказывают: и которые послы, или воеводы, ведая в делах неисправление своё и страшась царского гневу, и они тех подьячих дарят и почитают выше их меры, чтоб они, будучи при царе, их послов выславляли, а худым не поносили».

Сам царь, очень образованный для своего времени, лично также использовал шифры и в своей приватной переписке. Послы и резиденты всегда обеспечивались шифрами. Например, в 1673 году резидентом в Речь Посполитую (Польшу) был назначен полковник В.М.Тяпкин. По пути в Вильно его догнал царский гонец и вручил ему «знаки тайнописи и повеление царское пользоваться ими для донесений».