Столыпин предложил новую избирательную систему, которая привела бы к формированию более адекватной Думы, что сделало возможным взаимодействие законодательной и исполнительной власти. Новая избирательная система увеличивала представительство в Думе землевладельцев и состоятельных горожан, а также русского населения по отношению к национальным меньшинствам, что привело к формированию в III и IV Думах проправительственного большинства. Находящиеся в центре «октябристы» помогали Столыпину в принятии законопроектов, вступая в коалицию по тем или иным вопросам либо с правыми, либо с левыми членами парламента. В то же время, Столыпин ощущал поддержку от немногочисленной партии «Всероссийский национальный союз».

Во время Думы третьего созыва Столыпин продолжил вводить новые законы. Среди них – законы гражданского равноправия, свободы вероисповедания, отмена ограничений для старообрядцев, улучшение быта рабочих. Именно Столыпин от имени правительства внес на рассмотрение III Государственной думы законопроект о страховании рабочих по инвалидности, старости, болезни и от несчастных случаев, об оказании медицинской помощи рабочим за счет предприятий, ограничении длительности рабочего дня для малолетних и подростков. Он вносил также на рассмотрение Николая II проект по разрешению еврейского вопроса. Во время правления Столыпина не случилось ни одного еврейского погрома. Мало кому известно то, что Столыпин был инициатором введения всеобщего бесплатного начального образования в России.

Началось активное освоение сибирских и поволжских земель. В своей блестящей речи от 31 марта 1908 года в Государственной Думе, посвящённой вопросу о целесообразности постройки Амурской железной дороги, Столыпин говорил: «Наш орёл, наследие Византии, – орёл двуглавый. Конечно, сильны и могущественны и одноглавые орлы, но, отсекая нашему русскому орлу одну голову, обращённую на восток, вы не превратите его в одноглавого орла, вы заставите его только истечь кровью».

В 1910 году Столыпин вместе с главноуправляющим земледелием и землеустройством Кривошеиным совершили инспекционную поездку в Западную Сибирь и Поволжье. Политика Столыпина относительно Сибири состояла в поощрении переселения на её незаселённые просторы крестьян из европейской части России. Это переселение было частью аграрной реформы. В Сибирь переселились около 3 млн человек. Только в Алтайском крае во время проводимых реформ было основано 3415 населённых пунктов, в которых поселились свыше 600 тысяч крестьян из европейской части России, составивших 22% жителей округа. Они ввели в оборот 3,4 млн десятин пустующих земель. Для переселенцев в 1910 году были созданы специальные железнодорожные вагоны. От обычных они отличались тем, что одна их часть во всю ширину вагона предназначалась для крестьянского скота и инвентаря. В европейской части России уменьшалась концентрация крестьянского населения, а Сибирь заселялась. Столыпин говорил: «Дальше едешь – тише будешь».

В результате столыпинской аграрной реформы за пять лет урожайность зерновых выросла на четверть, и Россия стала производить зерна больше, чем основные ее конкуренты – США, Канада и Аргентина – вместе взятые. Производство мяса выросло втрое. Начался бурный рост вначале кредитных, а затем и производственных, сбытовых и потребительских кооперативов, оказывалась разносторонняя агрокультурная помощь: организовывались курсы по изучению, демонстрации и внедрению новых эффективных форм хозяйствования. Увеличились площадь посевных земель, экспорт хлеба, количество закупок сельхозмашин, а население каждый год росло на три миллиона человек. «Дайте государству 20 лет покоя внутреннего и внешнего, и вы не узнаете нынешней России» – сказал в интервью одной из газет Столыпин, описывая проводимые реформы, главной целью которых являлось создание класса мелких землевладельцев, что должно было привести к процветанию страны.