С 1859 года Шелгунов обратился к публицистике, сотрудничая в журналах «Русское слово», «Современник», «Век» и др. В 1861 году принял участие в нелегальной пропаганде, которую развернули сподвижники Чернышевского в расчете на крестьянскую революцию вследствие неудовлетворенности результатами крестьянской реформы. В соответствии с общим планом обращения к разным группам населения Шелгунов пишет революционную прокламацию «К молодому поколению» (при вероятном участии Михайлова). Прокламация была напечатана в Вольной русской типографии в Лондоне, для чего Шелгунов и Михайлов снова выезжали за границу. Затем «К молодому поколению» распространялась в Петербурге 3 и 4 сентября 1861 года. Были написаны также прокламации «Русским солдатам от их доброжелателей поклон» (не распространялась) и воззвание Чернышевского «Барским крестьянам от их доброжелателей поклон». Тексты прокламаций сначала послужили причиной ареста Михайлова, а затем использовались как обвинение против Чернышевского и Шелгунова. Всех предал Вс. Д. Костомаров, участвовавший в печатании текстов и арестованный по доносу своего брата Н. Д. Костомарова.
В сентябре 1861 года Н. В. Шелгунов писал в прокламации «К молодому поколению»:
«…Государь обманул ожидание народа: дал ему волю не настоящую, не ту, о которой народ мечтал и какая ему нужна… Нам нужен не царь, не император, не помазанник божий, не горностаевая мантия, прикрывающая наследственную неспособность, мы хотим иметь главой простого смертного, человека земли, понимающего жизнь и народ, его избравший. Нам нужен не император, помазанный маслом в Успенском соборе, а выборный старшина, получающий за свою службу жалованье…
Молодое поколение! Мы обращаемся к вам потому, что считаем вас людьми, более всего способными спасти Россию, вы настоящая сила, вы вожаки народа… Мы верим в свои свежие силы; мы верим, что призваны внести в историю новое начало, сказать свое слово, а не повторять зады Европы…
Если для осуществления наших стремлений – для раздела земли между народом – пришлось бы вырезать сто тысяч помещиков, мы не испугались бы и этого…
Мы хотим, чтобы власть, управляющая нами, была власть разумная, власть, понимающая потребности страны и действующая в интересах народа. А чтобы она могла стать такой, она должна быть из самих масс выборная и ограниченная.
Мы хотим свободы слова, то есть уничтожения всякой цензуры. Мы хотим развития существующего уже частью в нашем народе начала самоуправления… Наша сельская община есть основная ячейка, собрание таких ячеек есть Русь. Везде должно проходить одно начало… Мы хотим равенства всех перед законом, равенства всех в государственных тягостях, в податях и повинностях.
Мы хотим, чтобы денежные сборы не шли неизвестно куда, чтобы их не крали, чтобы правительство давало народу отчет в собранных с него деньгах. Мы хотим открытого и словесного суда, уничтожения императорской полиции – явной и тайной, уничтожения телесного наказания.
Мы хотим, чтобы земля принадлежала не лицу, а стране, чтобы у каждой общины был свой надел, чтобы личных землевладельцев не существовало… чтобы каждый гражданин, кто бы он ни был, мог приписаться к общине существующей или несколько граждан могли бы составить новую общину. Мы хотим сохранения общинного владения землей с переделами через большие сроки. Правительственная власть не должна касаться этого вопроса…