Царские войска пережили кратковременные трудности, когда многие казахи присоединились к Емельяну Пугачеву в борьбе против царской власти в 1773–1774 годах, захватив Гурьев, Петропавловск, Троицк и осадив Оренбург. Но после этого русские войска двинулись на юг именно с этих баз. Они жестоко подавляли сопротивление казахов в первой половине XIX века и поменяли на вражду значительную часть доброй воли, которой отличались их прежние дипломатические усилия.

Примерно с 1836 по 1846 год султан Кенесары Касымов (1802–1847), некогда союзник русских, стал их наиболее ярым противником на равнинах Казахстана. В этот период у казахов накопились бесчисленные обиды против русских, и способный военный предводитель Кенесары Касымов не только возглавил сопротивление казахов, но и обличал несправедливости, которые терпел его народ от царизма. В жалобе председателю Пограничной комиссии Оренбурга в июне 1841 года Кенесары Касымов представил причины своего сопротивления таким образом: «По примеру предков наших, хана Аблая, принявшего присягу на верноподданство Великому Государю Императору, мы располагались кочевьем на Исель Нуре, уповая на Бога и не беспокоясь ни о чем, как только о спокойствии нашего народа, но вдруг грянул на нас гром следующим образом… В 1825 году… Султан Ямантай Букеев… наговорил на нас начальнику Каркаралинского приказа Ивану Семеновичу Карначеву, который, выехав с 300 русскими и 100 человеками киргизов… разбил аулы султана Саржана Касымова… и награбил бесчисленное множество скота и имущества и убил 64 человека, остальные же спаслись бегством. В 1827 году… 200 человек под начальством майора Мингряву разбили аулы отрядов Алике и Чубуртпалы, убили 58 человек и разграбили бесчисленное имущество… В 1830 году… команда… убила 190 человек… В 1831 году… команда в 500 человек под начальством подполковника Алексея Максимовича… убила 450 человек и увезла дитя Саржана [Касымова]… В 1832 году… команда в 250 человек под начальством Петра Николаевича Кулакова… убила 60 человек… В 1836 году… 400 человек под начальством майора Тинтьяка… убили 250 человек… В 1837 году… 400 человек под начальством Ивана Семеновича Карпачева разграбили аликинцев, калкамановцев и туртуловцев и убили 350 человек».

Границы с Азией, 1801, 1864 гг.

Кроме этих бесчинств, Кенесары Касымов указывал в своей жалобе, что в 1838 году в ходе четырех карательных экспедиций под командованием русских или казачьих царских офицеров в составе разных отрядов общей численностью 1600 человек было разорено и разграблено несколько тысяч казахских деревень, убито 854 человека и похищено более 180. В 1840 году царские войска разграбили аулы султана Саржана, убили 70 человек, увели в плен 20 женщин и угнали 2300 лошадей, 300 верблюдов, три тысячи баранов и 100 голов рогатого скота. В том же году в ходе двух других набегов русских общей численностью 900 человек было разграблено шесть казахских становищ, убито 111 человек, захвачено 20, уведено тысячи овец, коров и верблюдов.

В то время как Кенесары Касымов и русские продолжали войну, царское командование в Оренбурге, раздраженное открытой поддержкой Хивы сопротивления казахов и забыв старый урок, преподанный казакам в XVII веке и Бековичу-Черкасскому в XVIII веке, снова разработало план похода на Хивинское ханство. Правители России выдвинули удобные предлоги для оправдания своих агрессивных действий и предприняли полномасштабное наступление в 1839–1840 годах.

Хотя последовавший разгром привычно оправдывался снежными буранами, в которые попала армия, известно, что кампания под водительством хорошо знакомого с регионом генерала В. А. Перовского была предусмотрительно запланирована на зиму, чтобы избежать чрезвычайной летней жары. Она могла достичь своей цели и исход битвы считался бы делом решенным, если бы хивинцы и их немногие туркменские и казахские союзники не воспользовались проблемами русских в транспортировке и снабжении. Они подготовили серию партизанских акций, умело проведенных летучими отрядами, которые сожгли русские корабли со снабжением из Астрахани, как и рыбацкие лодки, стоявшие у форта Ново-Александровск на Каспии, угнали овец, необходимых в качестве продовольствия, захватили царского офицера по снабжению и его караван, серьезно уменьшили количество конфискованных у казахских кочевников верблюдов, которые требовались для доставки провизии авангардным колоннам русских. Эти потери плюс ущерб, нанесенный плохой погодой, заставили русских, не одолевших и половины пути до цели, начать 1 февраля 1840 года отступление.