3 октября 1798 г. адмирал Ушаков и Кадыр-Бей выдали жителям Цериго грамоту, предоставляющую самоуправление до тех пор, «пока и прочие острова не освободятся от французов, и какое решение воспоследует от держав наших». В крепости Капсала был оставлен русско-турецкий гарнизон – по 12 человек с каждой стороны.

13 октября к острову Занте (Закинос) подошел отряд капитан-лейтенанта Шостака в составе фрегатов «Григорий Великия Армении», «Счастливый» и авизо «Красноселье». Как и у Цериго, после небольшой перестрелки французский гарнизон сдался. Союзники пленили 441 человека. Из них 17 отпустили в Анкону, а остальных отправили в Морею к туркам. В крепости было захвачено 47 чугунных пушек, 7 медных полевых пушек, 2 медные гаубицы и 6 мортир малого калибра. Медные орудия русские и турки поделили между собой и взяли на суда, а чугунные оставили в крепости. На Занте был оставлен гарнизон из 15 русских и 15 турок.

14 октября корабль «Св. Троица», фрегаты «Сошествие Св. Духа» и «Счастливый» под командованием капитана 2-го ранга И.С. Поскочина, а также турецкий фрегат, подошли к острову Кефалония. Завидев корабли, французский гарнизон капитулировал без сопротивления. На остров был высажен десант в 180 человек, взявший в плен 197 офицеров и солдат. Трофеями русских стали 40 чугунных пушек, четыре 3-фунтовых полевые медные пушки и четыре 48-фунтовые медные мортиры. Медные орудия Ушаков приказал взять на эскадру, а чугунные оставить на острове. Очевидец капитан-лейтенант Егор Метакса писал: «Народ наполнял воздух радостными восклицаниями и клялся истребить всех французов и приверженцев их… Чернь, устремясь на один дом, начала оный грабить, называя хозяина якобинцем», но русский мичман «бросился в толпу, захватил зачинщиков и растолковал им, что дело это не касается до них, что должно оное оставить на рассмотрение самого адмирала…» Что этот случай не был единичным, доказывают следующие слова того же Метаксы: «Все благонамеренные граждане изъявили страх свой и подтвердили, что оба города (Ликсури и Артостоли) окружены множеством вооруженных деревенских жителей, которые намереваются ворваться в оные и их ограбить под предлогом злобы своей противу якобинцев»[28].

Поскочин немедленно принял меры, выставив заряженные пушки перед пикетами. А Ушаков приказал трем фрегатам приблизиться на картечный выстрел к обоим городам Кефалонии и, если грабежи и буйства невозможно будет остановить мирным путем, то стрелять сначала холостыми зарядами, а затем картечью.

23 октября на остров Кефалонию прибыл Ушаков. Население радостно приветствовало русского адмирала. На следующий день Ушаков получил целый ряд доносов от местного дворянства, требовавших ареста и суда над членами муниципалитета, сотрудничавших с французами, и прочих якобинцев. Однако «Адмирал Ушаков, входя в положение сих несчастных граждан, покорствовавших силе и действовавших, вероятно, более от страха, нежели из вредных намерений, не обратил никакого внимания на донос сей и избавил мудрым сим поведением обвиненных не токмо от неминуемых гонений, но и от бесполезных нареканий»[29].

На острове Кефалония Ушаков оставил брандвахту в виде авизо «Красноселье» и гарнизон из 15 русских и 15 турок.

18 октября Ушаков отправил к острову Св. Мавры отряд в составе корабля «Св. Петр» и фрегата «Навархия», а также двух турецких кораблей. Командовал отрядом капитан 1-го ранга Д.Н. Сенявин.

Через два дня другой, более сильный, отряд отправился для блокады острова Корфу. В него вошли корабли «Захарий и Елисавета», «Богоявление Господне» и фрегат «Григорий Великия Армении», а также один турецкий корабль и два фрегата. Командовать отрядом был назначен капитан 1-го ранга И.А. Селивачев.