Летом 1591 года эта армия начинает наступление на Москву, но неожиданно, после суточного боя, стремительно откатывается прочь.
Хваленое турецко-татарское войско бежало, охваченное паникой.
Путь отступления, перешедшего в беспорядочное бегство, был усеян брошенным имуществом, а сам Казы-Гирей вернулся в Бахчисарай под покровом ночи, в простой телеге.
Начавшееся наступление шведов тоже потерпело поражение. Армия фельдмаршала Флеминга безуспешно осаждала маленькую крепость Гдов, не решаясь выдвинуться вглубь территории России, ограничиваясь набегами рейтаров.
Война перешла в мелкие стычки, длившиеся еще год, после чего начались мирные переговоры. В мае 1595 году был подписан Тявзинский мир, по которому Русскому государству возвращалась приладожская крепость Корела с прилегающим уездом, а так же закреплялись все отвоеванные ранее земли на побережье Финского залива.
Историки уже привычно указывают, что заслуги Годунова в вышеперечисленных военных победах минимальны. Однако тот факт, что он стоял во главе государства, успешно отразившего вторжение двух сильнейших на тот момент в военном отношении держав, говорит сам за себя.
К тому же Польша и Швеция, недавно грозившие Москве союзом своим под одним королем, теперь находились в открытой и ожесточенной вражде; шведы отказались повиноваться Сигизмунду Вазе и провозгласили королем своим дядю его Карла, что разумеется Сигизмунду не понравилось.
Оба государства, и Швеция и Польша, вследствие этого начали искать союза с Русью. Годунов стремился облегчить положение посадских людей. По его решению торговцы и ремесленники, проживавшие в «белых» слободах (частновладельческих, плативших подати крупным феодалам), были причислены к населению «черных» слобод (плативших налог – «тягло» – государству). При этом размер «тягла», взимавшегося со слободы в целом, был оставлен прежним, а доля отдельного горожанина в нем уменьшилась.
7 января 1598 года Фёдор Иоаннович умер, и мужская линия Московской ветви династии Рюриковичей пресеклась. 17 февраля 1598 года Земский собор избрал царем шурина Фёдора Бориса Годунова и принес ему присягу на верность. 1 сентября Борис венчался на царство. Близкое свойство перевесило дальнее родство возможных претендентов на трон. Не менее важным представлялся тот факт, что Годунов уже давно фактически правил страной от имени Федора, и не собирался выпускать власть из своих рук после его смерти. Казалось, все благоприятствовало новому царю.
Годунову удалось более-менее стабилизировать внутриполитическую обстановку, во всяком случае никто не ставит открыто под вопрос его право на трон.
Продолжается активное расширение русских владений на востоке; окончательно разбит и пленен Кучум, казачьи остроги и городки появились в устье Енисея.
В 1601 году, уже на излете эпохи Годунова, было заключено двадцатилетнее перемирие с Речью Посполитой.
Ради поощрения торговли с Европой Борис дает щедрые льготы немецким купцам, из числа переселенных при Иване Грозном из Ливонии. Он так же пытается с помощью Ганзы организовать морскую торговлю через Ивангород – увы, неудачно: шведы, обладавшие абсолютным господством на море, просто блокировали порт.
Царь проявлял заботу о распространении книгопечатанья, во многих городах создаются типографии.
Борис Годунов проявлял немалый интерес к достижениям западноевропейской цивилизации. При нем иноземцев в России было куда больше, чем прежде.
Годунов первым из русских правителей отправил русских дворян на учебу за границу (эти молодые люди, совершенно забытые в круговерти недалекой Смуты, так и не вернулись домой; один из них в конце концов стал англиканским священником). Есть сведения, что он обдумывал вопрос об организации в Москве университета.