Решающее значение в плане институционализации религиозных структур на территории Российской Федерации имел Закон «О свободе вероисповеданий», принятый Верховным Советом РСФСР 25 октября 1990 г. Данный законодательный акт, ликвидировав органы государственного политико-идеологического контроля над религиозной жизнью, фактически подвел черту под политикой атеистического диктата. Были сняты ограничения на религиозную деятельность, введена упрощенная процедура регистрации религиозных объединений, которые получили теперь статус юридического лица. Результатом стали стремительный рост числа религиозных объединений, укрепление позиций существовавших ранее и возникновение новых религиозных центров и структур.

За истекшие 20 лет общее число религиозных организаций, зарегистрированных на территории Российской Федерации, возросло в 3,4 раза (с 6650 – в 1990 г. до 22 507 – в 2009 г.). Особенно стремительный рост их числа (вдвое) был отмечен в течение первых пяти лет. В последующие годы его темпы несколько снизились, однако все равно оставались довольно высокими вплоть до 2005 г., после чего произошла определенная стабилизация.

Наиболее развитой институциональной структурой в России обладает Русская православная церковь: число ее религиозных организаций за рассматриваемый период возросло с 3442 до 12 435, или в 3,6 раза. С начала 1990-х годов имели место попытки создания параллельных церковных структур со стороны разного рода православных объединений, в разное время отколовшихся от Русской православной церкви. В основе церковных расколов, ставших причиной возникновения названных и других православных юрисдикций, пребывающих вне канонического общения с Русской православной церковью, как правило, лежали отнюдь не догматические и канонические, а политические и личностные факторы, в том числе связанные с личными амбициями отдельных представителей духовенства.

Вследствие этого, диссиденствующие структуры с самого начала были довольно немногочисленны и маловлиятельны. В совокупности все их общины, даже на пике своей активности, в сравнении со структурами Русской православной церкви составляли крайне незначительную величину. Некоторый рост числа из зарегистрированных организаций был отмечен в 1990–2000 гг., далее же этот показатель неуклонно снижался. Решающую роль в этом плане сыграло восстановление канонического общения между Московской Патриархией и Синодом Русской православной церкви за рубежом в июне 2007 г. Абсолютное доминирование среди православного населения России Русской православной церкви Московского Патриархата сохраняется и продолжает неуклонно возрастать.

Из других христианских религиозных объединений наиболее значительно (в 2,4 раза) выросло число протестантских общин различных деноминаций: с 1761 – в 1990 г. до 4238 – в 2009 г. Особенно это касается таких течений, как баптисты и евангельские христиане, адвентисты и пятидесятники, чьи общины составляют 87,7 % всех протестантских религиозных объединений России. За 20 лет общин пятидесятников стало больше в 5,4 раза, адвентистов – в 3,1, а баптистов и евангельских христиан – в 1,5.

Можно также отметить появление заметного числа общин ряда течений протестантизма, которых к началу 90-х годов в России практически не было, прежде всего – методистов и пресвитериан. Другие протестантские деноминации представлены на территории нашей страны гораздо меньшим числом религиозных объединений, причем рост числа общин здесь был менее значителен. Вместе с тем в течение последних пяти лет общее количество протестантских религиозных объединений несколько снизилось.