Основание Петром Великим Российской империи имело целью централизацию власти на огромной российской территории, и эта централизация затронула и религиозные общины страны. В 1721 г. в Санкт-Петербурге было создано министерство по делам православной религии – Священный Синод. Иные религии оказались под контролем, и, кстати, более щадящим, ведомства по делам инородческих религий. Императрица Екатерина II, пришедшая к власти через несколько десятилетий после смерти Петра Великого, считала себя его преемницей, в том числе и в вопросах организации и контроля над религиозной жизнью страны. В то же время Екатерина Великая подчеркивала свое душевное родство с французскими просветителями, и, как просвещенный монарх, она в 1773 г. издала Указ о религиозной терпимости, давший толчок развитию «инородческих» общин, прежде всего мусульман и лютеран, появлению новых мечетей и кирх. Примечательно название Указа Священному Синоду – «О терпимости всех вероисповеданий и о запрещении архиереям вступать в дела, касающиеся до иноверных исповеданий и до построения по их заказу молитвенных домов, предоставляя сие светским правительствам».

Вскоре, в 1800 г., в Казани открылась типография, специализировавшаяся на издании мусульманской религиозной литературы. Расширение прав верующих способствовало росту их интереса к просвещению. В мусульманской среде это породило реформаторское («джадидистское») течение, связанное в первую очередь с деятельностью Исмаила Гаспринского (1851–1914). С 1888 г. Гаспринский издавал газету «Тарджиман» («Переводчик»), которая играла ведущую роль в модернизации мусульманского образования в Крыму, Поволжье, Туркестане. Гаспринский создал новые учебники и новые учебные программы, основал в Крыму так называемые «новометодные школы», впоследствии получившие широкое распространение на российских мусульманских территориях – вплоть до Самарканда, Ташкента и вассального Бухарского эмирата. Благодаря этим прогрессивным школам в первые полтора десятилетия XX в. зарождается новая генерация мусульманских интеллектуалов, по-европейски образованных, но не утративших «мусульманской» идентичности.

В период усиления политики русификации, характерной прежде всего для времени правления императора Александра III, намечается ослабление позиций реформаторов во всех конфессиональных общинах и в то же время усиление консерваторов. В позднеимперский период Департамент духовных дел и зарубежных религий установил контроль за идеологическими движениями, которые он считал враждебными как для православных, так и для мусульманских подданных Российской империи. При Николае II попытка продолжить консервативную политику предшественника и опереться на наиболее традиционалистские силы среди представителей всех основных религий провалилась. В результате, под давлением общественности Николай II пошел на серьезные уступки старообрядцам, протестантам и в императорском манифесте декларировал свободу вероисповеданий своих подданных.

Февральская революция 1917 г. положила конец самодержавию, а вместе с ним и особому положению православной церкви в качестве силы, подконтрольной монархии и этой монархией активно поддерживаемой. В то же время возрождение института патриархов позволяло надеяться на восстановление авторитета церкви в период, когда личность экс-императора Николая II стала непопулярной у населения.

Октябрьская революция 1917 г. завершила период доминирования православия в России в качестве правящей идеологии. Формально все религии оказались сначала равно отделены от государства, а затем равно были преследуемы им. Особыми декретами нового режима церковь была отделена от государства, а школа – от церкви. Впрочем, православная церковь подверглась даже большим гонениям за связь с монархией, а то обстоятельство, что в синодальный период церковь по существу была под контролем и опекой государства, определило ее большую беспомощность в сравнении, например, с баптистами или староверами. При этом известны примеры сотрудничества групп православных и мусульман с советским государством. Среди православных в качестве таких наиболее «социально» близких государству выступила так называемая «обновленческая церковь», среди мусульман же ваххабиты в Средней Азии пошли на сотрудничество с советской властью, объединенные лозунгами эгалитаризма. Для всех групп верующих сотрудничество с советской властью не было спасением, впрочем, как и оппозиция ей. В годы Второй мировой войны наметился компромисс верующих с атеистическим правительством, вновь сведенный на нет «возрождением большевизма» при Н.С. Хрущёве. При этом включение областей Западной Украины, Белоруссии и Прибалтики в состав СССР в 1939–1940 гг., репрессии в отношении верующих на этой территории, ссылка многих из проживавших там баптистов и представителей других протестантских церквей способствовали распространению протестантизма на значительную часть Азиатской России, ранее не знакомой с этой формой христианства.