Из девяти ныне действующих в Башкортостане мусульманских религиозных учебных заведений три находятся в ведении ДУМ РБ. Это медресе им. Марьям Султановой, медресе «Галия» (располагающееся в одном здании с медресе им. Марьям Султановой), а также медресе в г. Стерлитамак. В свою очередь, пять учебных заведений, среди которых имеется одно высшее, подотчетны ЦДУМ России. Это Российский исламский университет при ЦЦУМ России (Уфа), медресе при мечети «Ляля-Тюльпан» (Уфа), женское медресе «Хакимия» (Уфа), медресе Фатиха в селе Туймазы, медресе «Hyp ул-ислам» в г. Октябрьск и женское медресе в селе Кандры.

Мусульманские учебные заведения, подотчетные ДУМ РБ, имеют лишь две ступени образования: начальные курсы при мечетях и медресе, обеспечивающие получение среднего специального образования.

Курс обучения в медресе им. Марьям Султановой при ДУМ РБ рассчитан на пять лет, и по его завершении выпускники получают специальность имама-хатыба. Медресе прошло лицензирование в 2007 г. В нем используется программа обучения, рекомендованная Советом муфтиев России, и преподаются как нерелигиозные дисциплины (информатика, башкирский язык, история, философия и арабский язык), так и религиозные: подраздел фикха – ибадат (правила культа и исполнения религиозных обязанностей), адаб (мусульманское воспитание), тафсир (толкование Корана), тажвид (правила чтения Корана), хадисы, Сира (жизнеописание Пророка Мухаммада) и кыраа (рецитация Корана).

Наиболее сильной базой медресе им. Марьям Султановой обладает в сфере преподавания арабского языка, поскольку в нем на постоянной основе работают профессиональные преподаватели из университета ал-Азхар, с которым у медресе подписано специальное соглашение. В настоящее время в медресе обучаются всего 18 шакирдов, при этом на 5-м курсе нет ни одного студента. Занятия ведут пять преподавателей, четверо из которых обучались в Египте или Бухаре (один учился как в Египте, так и в Бухаре).

Наибольшие проблемы медресе испытывает с набором шакирдов на дневное отделение, поскольку, по словам проректора по учебной работе Руслана Саяхова, туда идут учиться молодые люди из неблагополучных в материальном отношении семей. Для них медресе дает возможность иметь крышу над головой, бесплатно питаться и при этом получить образование. Здесь следует подчеркнуть, что в данном случае медресе берут на себя ту функцию, которую не выполняет на современном этапе государство, а именно – заботу о воспитании представителей социально незащищенной части общества.

Медресе «Галия» при ДУМ РБ осуществляет обучение шакирдов на вечернем и заочном отделениях. Как правило, его абитуриентами являются действующие имамы, которых ДУМ РБ обязывает получить среднее религиозное образование, поскольку подавляющее большинство сельских имамов такого образования не имеют. Meжду тем, как заметил ректор медресе «Галия» Ильяс Мухамадеев, современные верующие требуют ответы на все новые и новые вопросы, с чем имамы, получившие религиозные знания самостоятельно, уже не справляются. В настоящее время на заочном, вечернем и дистанционном отделениях медресе обучаются 74 человека. При этом многие студенты являются выходцами из Сибири, Барнаула, Свердловска и Челябинска. Работа в медресе в г. Стерлитамак строится на той же основе, а количество студентов дневного отделения не превышает 20–30 человек.

Несколько иная картина предстает перед исследователем при рассмотрении ситуации с учебными заведениями, подведомственным ЦДУМ России. Здесь система образования имеет большую преемственность и включает в себя три ступени – начальную, среднюю и высшую. Обучение в медресе среднего звена рассчитано на два года. В случае его успешного завершения шакирдов зачисляют сразу на 3-й курс Российского исламского университета при ЦДУМ России. При сравнении с учебными заведениями, подотчетными ДУМ РБ, здесь, прежде всего, обращает на себя внимание большее число учащихся.