Мусульманское духовенство относится к этим настроениям крайне отрицательно и даже запрещает верующим говорить о тенгрианстве. До середины нулевых годов тенгрианские идеи часто оказывались в центре публичных дискуссий, однако в какие-либо организованные формы башкирское тенгрианство не вылилось и к 2012 г. сохранилось лишь в качестве темы интернет-обсуждений башкирских националистов (один из сайтов, на котором обсуждаются тенгрианские темы – www.rb21vek.com).
Существуют и настроения в пользу формирования некоей специфической башкирской веры на основе оккультизма (при значительном влиянии рерихианства) и тюркской мифологии.
В начале 1990-х годов президент Башкортостана М. Рахимов жестко конфликтовал с московскими властями, добиваясь максимальной самостоятельности. В качестве рычага давления им использовались и башкирские националистические организации. В 1993 г. была принята Конституция Башкортостана, провозгласившая «суверенитет» республики, а в 1994 г. между Башкортостаном и федеральным правительством был подписан договор «О разграничении предметов ведения и взаимном делегировании полномочий», узаконивший за республиканскими властями широкие права, выходящие за рамки Конституции РФ. После этого отношения между Москвой и Уфой стабилизировались. В 2002 г. Конституция Башкортостана формально была приведена в соответствие с Конституцией РФ, но на самосознании башкирского народа и политической элиты республики это мало отразилось.
Религиозная политика М. Рахимова, однако, всегда была очень умеренной и осторожной. В республике декларировалось равенство религиозных организаций, никогда не подвергались серьезной дискриминации религиозные меньшинства. Тем не менее симпатии власти всегда были очевидны. До 1993 г. президент М. Рахимов оказывал моральную и материальную поддержку ЦДУМР и приглашал на различные мероприятия муфтия Т. Таджуддина. Позднее М. Рахимов постепенно начал переориентироваться на ДУМ РБ, что расценивается как следствие пророссийской ориентации ЦДУМР, в надежде найти в ДУМ РБ «свой», послушный его власти муфтият. М. Рахимов включил в 1993 г. в Общественный совет при президенте представителей ДУМ РБ (но не ЦДУМР) и РПЦ. С конца 1995 г. наметилось охлаждение М. Рахимова к ДУМ РБ и вторичное приближение Таджуддина к власти. Подобная переориентация закономерна – ДУМ РБ не был склонен к полной лояльности каким-либо властям, а антитатарская направленность башкирского национального движения постоянно создавала проблемы для властей республики в их отношениях с татарской общиной. Союз с ЦДУМР в значительной степени снимал эту напряженность.
С середины 1990-х годов в республике заметен рост страха перед исламским фундаментализмом и экстремизмом, что также способствовало сближению властей с ЦДУМР. С 1997 г. власти стали высылать всех иностранных проповедников и преподавателей ислама. Так, в ноябре 1998 г. из Уфы были высланы шестеро граждан Пакистана «за антироссийские высказывания, направленные на разжигание национальной и религиозной вражды». В августе 2002 г. за пределы Башкортостана была выслана большая группа граждан Турции, являющихся последователями радикальных исламских объединений «Сулейманжди» и «Нурджулар». Лидер группы Чалышкан Сейди прибыл в город Октябрьский в 1998 г., заручившись поддержкой местных властей. Как сообщает Центр общественных связей УФСБ по Башкортостану, был создан «благотворительный пансионат для сирот», где детей воспитывали «в духе пантюркизма и религиозного фанатизма».
К середине нулевых годов стало очевидно, что муфтий Т. Таджуддин сумел восстановить свои позиции в обществе, что не в последнюю очередь было связано с тем, что в 1995 г. М. Рахимов совершил хадж в обществе Таджуддина. Особенно активно проявил себя муфтий во время выборов президента Башкортостана летом 1997 г., демонстрируя полную поддержку кандидатуры М. Рахимова. Самым главным делом Т. Таджуддина в 1997– 1998 гг. стало строительство комплекса мечети-медресе «Лале-тюльпан» в Уфе, финансирование которого осуществлялось в значительной степени за счет республиканского бюджета. Торжественное открытие этой мечети в конце 1998 г. в присутствии М. Рахимова и Т. Таджуддина стало символом объединения этих лидеров.