Противники Таджуддина обвиняют его в первую очередь в аморальном поведении – пьянстве и даже наркомании. Но гораздо важнее обвинения, связанные с его идейной позицией. Таджуддин заявляет, что шариат не должен быть ни в коем случае нормой права, но лишь внутренним законом мусульманина («шариат должен быть в сердце»). Он утверждает, что многовековое пребывание мусульман в составе России – для них не зло, а благо, и что, то «как сейчас живут в Иране или Судане никак не может быть для нас образцом». В своем выступлении на Всемирном русском соборе в декабре 1999 г. он говорил, что «Святая Русь – и для российских мусульман значимое понятие». Таджуддин занимает экуменическую позицию – он ратует за взаимное сближение «авраамических религий» и постоянно стремится к укреплению контактов с РПЦ.
Экуменические ориентации Таджуддина и стремление сделать ислам «современным» объективно отражают мировоззрение значительной части российских мусульман, получивших европейское образование и принявших многие западные ценности.
В начале 1990-х годов сопротивление Таджуддину в Башкирии возглавили имамы башкир Н. Нигматуллин и татарин Н. Аширов. В созданный по их инициативе в 1992 г. ДУМ РБ муфтием был избран Нигматуллин, а его заместителем Аширов. С самого своего возникновения ДУМ РБ занял гораздо более радикальную теологическую и политическую позицию, чем ЦДУМР, в первую очередь благодаря Аширову. Если Нигматуллин был скорее витриной для привлечения башкир в ДУМ РБ, то реальное руководство муфтиятом концентрировалось в руках Аширова. Идеологически ДУМ РБ ориентируется на мусульманские страны Ближнего Востока (БВ). Лидеры ДУМ РБ считают утверждение шариата в общественной жизни недостижимым идеалом. А. Бибарсов, заместитель муфтия с 1997 г., заявил в интервью автору этих строк: «Как мусульманин я не могу быть против шариата. В Саудовской Аравии – шариат, а ведь Саудовская Аравия – это рай. Но я понимаю, что в современных российских условиях внедрение шариата практически невозможно». Аширов сумел установить тесные контакты с мусульманскими организациями в странах БВ. В беседе с нами в 1996 г. он признавался, что получает от них финансовую помощь.
В первой половине 1990-х годов ДУМ РБ привлек к преподаванию в своих учебных заведениях несколько десятков преподавателей из стран БВ. В русле контактов с мусульманскими организациями этих стран в Башкирии появлялись и проповедники.
В отличие от Таджуддина, стремящегося установить как можно более тесные отношения с РПЦ, ДУМ РБ имеет с ней лишь чисто формальные, протокольные контакты, инициированные властями. Таджуддин обвинял лидеров ДУМ РБ в распространении политического и религиозного экстремизма, национальной вражды и связях с ваххабитами. В свою очередь, ДУМ РБ в долгу не оставался, обвиняя Таджуддина в аморальном поведении, сервилизме перед российскими властями, экуменизме, «обновленчестве» и даже в масонстве.