В 1990-х процесс учреждения медресе шел очень бурно, качественная составляющая – материальная база, преподавательский состав, учебно-методические материалы – не поспевали за этим процессом. Как результат – в часть медресе проникли радикальные проповедники, вербовщики, призывавшие сражаться против неверных. Это привело к закрытию таких медресе, как «Расул Акрам» в Москве, «Аль-Фатх» в Ижевске, «Йолдыз» в Набережных Челнах, «Аль-Фуркан» в Бугуруслане. В Набережных Челнах на основе множества медресе – «Юлдуз», «Танзиля», «Ихлас», «Нурутдин», «Иман» – было создано медресе «Ак мечеть», а Альметьевское медресе им. Р. Фахретдина было образовано на базе Исламского института имени Р. Фахретдинова и Азнакаевского медресе. Коррекция количества медресе в сторону уменьшения происходила и на Северном Кавказе. Так, в 2000 г. в республике действовало 136 медресе, к 2003 г. их было 131, а в 2008 г., по данным председателя Комитета Правительства РД по делам религий А. Магомедова, их было уже 116.

Условно процесс создания медресе в современной России можно поделить на два периода: 1. Начало и середина 1990-х. 2. 2003–2007 гг.

Первая очередь медресе открывалась, как принято говорить, на голом энтузиазме, не имея помещений, в условиях нехватки преподавателей. Была потребность быстро утолить сильнейший кадровый голод и огромный запрос населения на духовное знание. К этой группе первопроходцев относятся медресе: «Ак мечеть» (точнее его предшественники) – 1992 г. «Мухаммадия», Медресе им. 1000-летия принятия Ислама – 1993 г., НИМ «Махинур», Московский высший исламский духовный колледж – 1994 г., Нурлатское медресе и медресе «Рисаля» – 1996 г., медресе им. М. Султановой – 1997 г., Альметьевское медресе – 1998 г.

Это был период первоначального накопления опыта, первых ошибок и первых результатов, после чего мы наблюдаем вторую очередь бурного роста медресе, что было связано скорее с внутренними проблемами уммы. ЦДУМ сделало ставку на развитие образовательного консорциума, включающего сеть медресе в регионах и объединяемого Российским исламским университетом в Уфе. Открылись «Hyp» в Саратове, «Биляр» в Ульяновске, «Гулистан» в Чувашии и др. Кроме того, работавшие на тот момент медресе не покрывали потребность региональных местных религиозных организаций в кадрах, а те, что имелись, не всегда удовлетворяли по своим идейным предпочтениям. Появилось осознание того, что гораздо эффективнее обучать имамов у себя в регионе, где есть возможность и отбора, и отсева, и тщательной воспитательной работы с каждым из студентов. Появились Казанский исламский колледж (2003), медресе «Шейх Сайд» (2006), «Фанис» (2007).

Медресе осуществляют образовательную деятельность по дневной, вечерней и заочной формам, причем, как правило, одно и то же медресе ведет работу по всем трем направлениям, которые имеют каждый свою специфику. Исключение составляет тандем медресе им. М. Султановой и «Галия» в Уфе. В этом случае два медресе располагаются в одном здании, одно из них ведет дневное обучение, второе – по заочной форме.

На вечерней и заочной формах студентов в несколько раз больше, чем на дневной, так как на этих отделениях обучаются кроме молодежи и представители среднего и старшего поколения, желающие глубже постичь религиозные науки. Приведу в пример медресе «Ак мечеть» в Набережных Челнах. Совсем недавно количество студентов дневного отделения было менее 10, а вечерников и заочников – более 100.

В данное время в европейской части России нет женских медресе, в то же время ряд медресе проводит набор на учебу на дневном отделении и юношей и девушек, но процесс обучения происходит раздельно. Такими учебными заведениями являются: медресе «Мухаммадия» в Казани, медресе «Фанис» в Ютазинском районе Татарстана, медресе им. Р. Фахретдина в Альметьевске и медресе «Hyp аль-Иман» в Стрелитамаке. На заочную и вечернюю формы обучения женщины имеют возможность поступать во все медресе.