Рассматривая современную ситуацию в Амурской области, авторы отмечают в 1990–2000-е годы существенное сокращение мусульманского населения. Среди причин называются: естественная убыль, ассимиляция, переселение в другие регионы России из-за экономических трудностей переходного периода. По данным переписи населения 2002 г., общее число мусульман (по происхождению) в регионе сократилось в два раза – до 12 830 человек (1,4%). Количество татар и башкир при этом составляло 6081 человек. К 2010 г. число мусульман (по происхождению) еще более уменьшилось – до 10 571 человека (1,27%), среди которых число татар и башкир стало меньше половины – до 4290 человек.

Среди оставшихся и вновь приехавших мусульман был отмечен рост религиозных настроений, что отражает общероссийские тенденции в этот период. В январе 2003 г. в Благовещенске прошло собрание диаспор области, на котором было принято решение о создании мусульманского общественного центра и его руководящего органа Высшего Совета. В его состав вошли по три представителя от таджикской и узбекской диаспор, два – от дагестанцев и по одному – от татар и туркмен. Председателем был избран И. Усманджанов.

Организация под руководством этого лидера выступала под разными названиями и не все они имели официальную регистрацию: «Дальневосточное демократическое движение мусульман», «Братья-мусульмане», «Мусульманское братство», «Амурский мусульманский совет». Например, общественное объединение «Братья-мусульмане» было официально зарегистрировано в органах юстиции в 2003 г., однако уже на следующий год управление Минюста вышло в суд с иском о ликвидации «Братьев-мусульман», поскольку объединение носило название международной организации, которая считается в России террористической. Остро стоял вопрос о строительстве мечети. Община не раз обращалась к городским властям относительно выделения земельного участка, однако предлагаемые мэрией землеотводы отвергались по причине труднодоступности.

С 2009 г. в Благовещенске активизировалась деятельность ЦДУМ, во многом благодаря деятельности представителя данной структуры на Дальнем Востоке Х. Кузнецова. Первая религиозная организация (в составе ЦДУМ) в Благовещенске получила официальную регистрацию 14 декабря 2009 г. Председателем ее стал юрист И. Фасахов, а имамом – О. Омаров. В октябре 2010 г. в составе ЦДУМ зарегистрирована вторая организация области – в Зее (председатель Т.А. Кидрачев), где община прежде действовала в качестве религиозной группы. Большинство мусульман этого города – выходцы из республик Северного Кавказа, преимущественно из Ингушетии. С 2013 г. в Зее действует молитвенный дом площадью 70 кв. м. Религиозная группа (руководитель С. Магомедов) есть и в г. Тынде, где местными властями выделена земля для строительства мечети.

К концу 2011 г. мусульмане Благовещенска остались без имама, а намазы в арендуемом помещении проводил представитель узбекского культурного центра «Олтин Водий» М. Тулунов. Вся административная работа общины лежала на представителе узбекского национально-культурного центра «Олтин Водий» («Золотая долина») А.А. Палванове. В умме на сегодняшний день доминирует центральноазиатская компонента, но при весомой роли выходцев с Кавказа. Не добившись выделения участка на территории Благовещенска, мусульмане в 2011 г. на собственные средства купили землю в пригороде областного центра в с. Чигири (в 7 км) и в марте 2013 г. приступили к строительству мечети с общей площадью в 1200 кв. м.

Собственной централизованной религиозной организации в Амурской области нет, но общины ориентируются на ЦДУМ и его полномочного представителя в Хабаровске ахунда А. Гарифуллина.