В тяжелом положении оказалось традиционное мусульманство края. В силу их невысокого авторитета, особенно в глазах молодежи, а также из-за отсутствия средств некоторые традиционалисты отчаянно пытались наладить диалог с представителями «нового ислама», подпадая под их влияние.

Co временем центральная и местная власть стала осознавать деструктивный характер исламизма. В рамках поиска решений для регламентации государственно-конфессиональных отношений в 1997 г. принимается Закон РФ «О свободе совести и религиозных организациях». Этот закон не решил всех проблем и стал объектом оправданной критики. При этом он значительно ужесточил правила регистрации новых религиозных организаций, а также ввел запрет на религиозную миссионерскую деятельность иностранцев. Работа органов правопорядка Ставропольского края в этот период также была связана с противодействием экстремистской и террористической активности бандформирований. Всё это позволило в какой-то мере ослабить позиции борцов за «чистоту» ислама.

Четвертый этап (1998–2001) отмечен обострением отношений между объединенными силами власти и традиционного духовенства, с одной стороны, и представителями радикальных исламских группировок – с другой. В этом противостоянии лидеры традиционных исламских общин получили мощный стимул для объединения. Они стали вести с мусульманским населением края работу по борьбе с сектантской идеологией исламистов. Исламисты в свою очередь повели на Ставрополье настоящую психологическую и диверсионно-террористическую войну. Так, за четыре года было совершено более десяти террористических актов в различных городах и районах края – Пятигорске, Невинномысске, Минеральных Водах, Ессентуках, Ставрополе и других населенных пунктах. Серьезно осложнилась обстановка в регионе Кавказских Минеральных Вод, что было связано с деятельностью самопровозглашенного «имама Карачая» – М. Биджиева. Используя в качестве прикрытия должность директора открытого при мечети поселка Мирный медресе, он организовал бандформирование численностью 35–40 человек. Противопоставив себя местному традиционному духовенству, эта группа вела борьбу за «присоединение» Предгорного района и Кисловодска к так называемому «независимому Карачаю». В ответ на всплеск экстремистской активности правоохранительные органы и спецслужбы предприняли комплекс профилактических мер, включающих регулярно проводимые операции – «Граница-заслон», «Моджахед», «Вихрь-антитеррор», «Иностранец» и др. Ряд исламистов были привлечены к уголовной ответственности и осуждены за совершение тяжких и особо тяжких преступлений. Однако несовершенство законодательной базы, а также опора в основном на оперативные и силовые методы борьбы с подобного рода преступлениями не позволили исключить терроризм и экстремизм из списка актуальных для края угроз.

Пятый этап (2001–2007) был связан с планомерным и последовательным наступлением на деструктивные формы исламской религиозности. Используя широкий арсенал средств – идеологических, психологических, экономических, политических и силовых – власть продолжала наносить удары по исламизму и его носителям. Эти усилия не только привели к разгрому военной организации северокавказской салафийи, загнав ее в глубокое подполье, но и способствовали формированию ее негативного образа в широких слоях населения. Термин «ваххабизм» стал устойчиво ассоциироваться с терроризмом и религиозным фанатизмом. Тем не менее ушедший в подполье исламизм не отказался от своих целей. В новых условиях произошло обновление его программы идеологического обоснования террористической деятельности, связанное с отказом от национально ориентированного характера исламского «сопротивления». Так, любая этническая или национальная цель, подобная борьбе за независимость, например Ичкерии, объявлялась ложной. По мнению тогдашнего главаря бандитского подполья на Северном Кавказе Доку Умарова, мусульмане должны были отказаться от национализма и перейти на религиозно-политические позиции «чистого ислама». В зону активных действий якобы созданного террористами в 2007 г. исламского государства-организации «Кавказский эмират» – «Имарат Кавказ» вошла восточная часть Ставропольского края, так называемый вилайят «Ногайская степь». Свою активность салафиты подтвердили рядом совершенных в крае террористических актов.