Однако известная еще со времени работы в Политбюро ЦК КПСС неприязнь к Гейдару Алиеву президента России Бориса Ельцина препятствовала укреплению доверия между ними, а это отрицательно сказывалось и на российско-азербайджанских отношениях. Тем более что в армяно-азербайджанском конфликте вокруг Нагорного Карабаха Москва негласно взяла сторону Еревана, оказывая армянам экономическую и военную поддержку. В результате Азербайджан так и не вернулся в сферу влияния России, а стал шаг за шагом сближаться с Евросоюзом и США. Президенту Алиеву также удалось несколько оживить диалог с Ираном.

Доверительные и тесные личные контакты Гейдара Алиева с турецким коллегой Сулейманом Демирелем способствовали тому, что партнерство Баку с Анкарой сохранило приоритетный характер. Формула азербайджано-турецких отношений нашла свое выражение в высказывании президента Алиева: «Одна нация – два государства». При этом Баку настойчиво проводил линию на равноправие без деления на «старшего и младшего брата». От услуг турецких советников вскоре отказались, в том числе и в армии. В крупном консорциуме на Каспийском шельфе Азербайджана «Азери–Чираг–Гюнешли» (нефть) и «Шахдениз» (газ) Турция, как и Россия, получила скромную 10 %-ную долю, а основным акционером и оператором проектов стала англо-американская ВР.

Завершение президентской каденции Сулеймана Демиреля и его преемника Ахмета Недждета Сезера, установление в Турции долговременного правления умеренных исламистов из Партии справедливости и развития (ПСР), возглавляемой президентом Абдуллой Гюлем и премьер-министром Реджепом Тайипом Эрдоганом, наложило отпечаток на турецко-азербайджанские отношения. На уровне первых руководителей в них стало меньше доверительности, личной теплоты и больше прагматизма. Турецкие государственники-националисты в высших эшелонах власти и в армии, безусловно, больше подходили в качестве партнеров для светски ориентированного азербайджанского руководства, чем пусть умеренные, но исламисты из ПСР.

Обратная эволюция произошла в отношениях с высшим руководством России. Бориса Ельцина сменил выходец из советских спецслужб Владимир Путин, не скрывавший пиетета к президенту Гейдару Алиеву, в прошлом генералу КГБ и члену Политбюро ЦК КПСС. Хорошие личные контакты установились впоследствии и между новыми президентами Азербайджана и России Ильхамом Алиевым и Дмитрием Медведевым. Оба примерно одного возраста, хорошо образованны, современны и нацелены на модернизацию своих стран с опорой на жесткую властную вертикаль.

Личностный фактор во взаимоотношениях Баку, Москвы и Анкары играл важную роль, но еще более значимым обстоятельством стало изменение положения самого Азербайджана. С начала 2000-х годов страна стала получать большие нефтяные доходы, что позволило достичь фантастических темпов роста экономики, резкого повышения жизненного уровня населения. Азербайджан, нуждавшийся во внешней финансовой и технической помощи, в политической и дипломатической поддержке, в рекомендациях и советах, трансформировался в стабильное, уверенное в себе, быстроразвивающееся государство. Такое повышение экономического и геополитического веса отразилось на отношениях со всеми внешнеполитическими партнерами, включая Турцию и Россию.

Стратегическое партнерство с Анкарой сохранилось. А после того, как в августе 2008 г. Турция дистанцировалась от грузино-российской войны, Баку даже посчитал, что негласных военно-политических гарантий Анкары недостаточно, и настоял в 2010 г. на заключении «Договора о стратегическом партнерстве и взаимопомощи между Азербайджаном и Турцией». Статья 2 документа гласит, что в случае вооруженной атаки или агрессии третьего государства или группы государств каждая из сторон окажет другой помощь с использованием всех возможностей. Статья 3 предусматривает тесное сотрудничество в оборонной и военно-технической политике. Также предусмотрены совместные действия по устранению угроз и вызовов национальной безопасности. В соответствии с совместным заявлением, принятым президента-ми и ратифицированным парламентами, создан Совет стратегического сотрудничества высокого уровня между Азербайджаном и Турцией.