Третий этап начался с приходом к власти Владимира Путина. Всплеск российской активности на постсоветском пространстве сближает страны и позволяет выстраивать политику стратегического партнерства. Сейчас мы являемся свидетелями продолжения этой линии. Азербайджан и Россия избавились от многих комплексов и иллюзий, научились по-новому реализму и прагматизму, преодолели трудности переходного периода собственного развития, сумели пройти сложный путь от политики эмоций к долгосрочному партнерству и проектам.

Придя к власти, Г. Алиев внес серьезные изменения в политический, в том числе и внешнеполитический, курс страны, Азербайджан вступил в СНГ, была скорректирована протурецкая ориентация политического курса и предприняты шаги к восстановлению связей с Россией в рамках диверсификации международных связей страны. Укреплению позиций Г. Алиева способствовало также подавление сепаратистских выступлений талышей на юге республики во главе с полковником А. Гумбатовым летом 1993 г. Можно сказать, что те силы, которые способствовали демонтажу всех связей, соединявших Азербайджан с Российским государством, исчерпали свои возможности. Они либо окончательно сошли с политической арены, либо отошли на задний план, освободив место для Г. Алиева и его команды. Но их заслуга состоит в том, что они подготовили условия для того, чтобы Азербайджан де-факто и де-юре стал независимым государством.

Азербайджанцы, живущие в России, являются неотъемлемой частью российского общества. Руководство РФ (и в частности Москвы) понимает, что необходимо общими усилиями ученых, политиков, представителей национальных общин создать такой климат, чтобы любой гражданин страны независимо от его национальности, вероисповедания, языка, в России чувствовал себя полноправным человеком и гражданином. Российские азербайджанцы играют немаловажную роль в поддержке экономики своей непосредственной родины. Так, по данным ЦБ РФ, в 2006 г. объем денежных переводов из РФ в Азербайджан составил 440 млн. долл. По другим данным (Госкомстат Азербайджана), объем переводов из РФ достигает 720 млн. долл. в год. По оценкам, учитывающим возможности недекларируемого ввоза плюс безналичный перевод валюты, размер внешней «субсидии» со стороны российских азербайджанцев может достигать 2 млрд. долл.

На начальном этапе становления новых независимых государств Москва допустила много грубых, осознанных и неосознанных, явных и случайных, ошибок по отношению к государствам постсоветского пространства, особенно на кавказском направлении, как по отношению своих субъектов, так и по отношению к Азербайджану. России в то время было не до Каспийского региона, и она была слишком слаба. К тому же СССР в последние годы своего существования, а затем и Россия, закулисно поддержав позиции и сторону Армении по Нагорному Карабаху, допустили грубые ошибки по отношению к Азербайджану. Этим воспользовались США; они развернули сотрудничество в экономической (через ТНК), политической и военной сферах и заняли прочные позиции в Азербайджане. В начале 2009 г. разгорелся еще один скандал о передаче российского оружия, дислоцированного в Гюмри (Армения), на 800 млн. долл. армянской стороне. Россия отрицала эти факты в заявлениях МИД и министра обороны Анатолия Сердюкова, что не удовлетворило официальный Баку, который помнил, что прежде Москва также сначала отрицала факт передачи вооружения Армении в 1994–1996 гг. на сумму в 1 млрд. долл. (эти факты подтвердил депутат Государственной думы генерал Лев Рохлин). Напомним, что Россия официально занимает нейтральную позицию в армяно-азербайджанском конфликте, и процесс мирного урегулирования карабахского конфликта протекает в рамках Минской группы ОБСЕ, в которую входит и Россия. Рецидивы таких сепаратных сделок в России еще будут, ибо в ее современной истории ни один чиновник высшего ранга не понес уголовную ответственность за политику в ущерб имиджу страны.