Оторвавшись от фресок, посетитель поворачивается налево и переносится на триста лет назад. Он стоит в конце нефа базилики XII века, построенной в классическом стиле. Этот неф был сооружен несколькими веками ранее.

Вход в раннехристианские базилики был через крытые портики, которые вели во двор, или атриум, окруженный крытой галереей, или аркадой. В дальнем конце двора располагалась сама церковь, в которую проходили через вестибюль, или нартекс. Эти элементы сохранились в базилике Святого Клемента и по сей день, но древний вход в нее закрыт. Сейчас мы попадаем в церковь через дверь в левом боковом приделе. Мы стоим в главном помещении церкви, позади нартекса, и видим, что базилика – это простое прямоугольное здание, разделенное на главный неф и два боковых придела двумя рядами колонн. (Некоторые базилики имеют пять приделов, которые отделены друг от друга четырьмя рядами колонн.) В дальнем конце главного помещения базилики, называемого нефом, мы видим полукруглую апсиду, перед которой высится триумфальная арка. Крыша апсиды образует купол, крыша нефа – плоская, а свет попадает внутрь через окна, расположенные сверху. Эти окна опираются на колонны.

Хотя церковь была построена в XII веке, ее современная структура представляет собой смесь сооружений, относящихся к разным эпохам. Боковые часовни были пристроены позже, а чередующиеся круглые и овальные окна поверх колонн существовали изначально, но в XVII веке их заделали и заменили на большие прямоугольные. В начале XVIII века был создан нынешний тяжеловесный потолок с его позолоченной резьбой и центральной фреской, которая была написана Джузеппе Кьяри (годы его жизни 1634–1729). Фрески между окнами были созданы одновременно с ней, но уже другими художниками.

Эти пристройки изменили и, по мнению туристов, сильно испортили первоначальный вид церкви, известный нам по рисункам, сделанным до 1643 года. В ту пору стены не были покрыты фресками, а потолок перекрывали деревянные балки, более соответствовавшие облику базилики.

Но уже в 1643 году интерьер церкви состоял из частей, созданных в разные века. Настенный шатер, как полагают, был сооружен в XIII веке известным «готическим» скульптором Арнольфо ди Камбио. Этот шатер обрамлен двумя прекрасными маленькими обвивающими друг друга колоннами, в которых чередующиеся участки стекла и золота создают впечатление сверкающей мозаики. Те же самые колонны, только более крупные, мы находим и на огромном канделябре, который стоит на стене сколы канторум.

Это сооружение представляет собой замкнутый прямоугольник с низкими мраморными стенами, расположенный в конце нефа у самой апсиды. Это разновидность хоров, отделенных от остальной церкви. Они были сооружены за шесть веков до постройки самой церкви, которая была создана в XII веке. На мраморных стенах сколы видны различные символы – среди них монограмма папы Иоанна II, который правил с 533 по 535 год н.э. и который до получения тиары святого Петра был настоятелем церкви Святого Клемента.

Позади сколы канторум расположен главный престол. Тот, что мы видим сейчас, был создан в 1726 году. Свод над ним значительно старше самого алтаря, а колонны, поддерживающие его, датируются XV или XVI веком. Некоторые другие элементы убранства могут быть на тысячу лет старше. Кафедра, или кресло епископа, расположенная позади алтаря, вероятно, была создана в VI веке н.э.

Мозаика на потолке апсиды является настоящей жемчужиной базилики. Ее сверкающие, ясные краски изображают дерево жизни, окруженное аллегорическими животными и увенчанное рукой Бога Отца, которая изображена на фоне звездной сферы, символизирующей славу Господа. Над этим изображением в центре купола находится крест.