Военная часть плана партизанской экспедиции была рассмотрена и одобрена председателем Реввоенсовета республики Л. Д. Троцким и Главкомом Восточного фронта И. Вацетисом. Отряд Кожевникова, сформированный в основном из посланцев Курского, Нижегородского и Астраханского почтово-телеграфных округов, численностью 500 человек должен был регулярными ударами по тылам белых помогать Красной Армии, наступающей с фронта.

«Кожевниковцы» вышли из Москвы 30 сентября и 6 октября 1918 года прибыли в Челны.

Здесь, оставив необходимый гарнизон, отряд выступил в поход по тылам белогвардейцев.

В ноябре 1918 года численность отряда достигла 12 тысяч человек, и распоряжением командования экспедиционный отряд ВЦИКа стал именоваться «Партизанская Красная Армия».

Отряд был реорганизован в 9 самостоятельных отрядов и 2 артиллерийских дивизиона, при этом 7 партизанских отрядов действовали в пределах Татарии.

В начале декабря 1918 года из Москвы поступил приказ о передислокации партизанской армии ВЦИКа через железнодорожную станцию Бугульма на Южный фронт и сосредоточении её в районе Нового Оскола Курской губернии.

6 декабря 1918 года в Курск прибыл первый эшелон бойцов-партизан. В январе 1919 года в отрядах Кожевникова насчитывалось более 30 тысяч человек, которые участвовали в сражениях за города Купянск, Старобельск и Луганск. Вскоре на базе этих боевых сил была сформирована 13-я армия под командованием Кожевникова: основную массу личного состава армии составляли уроженцы Татарии.

Член Реввоенсовета Южного фронта Иосиф Ходоровский (1885–1938) 5 февраля 1919 года в телеграмме Свердлову сообщал: «В армии Кожевникова имеется свыше 10 тысяч мусульман».

С декабря 1918 года Кожевников – командующий группой войск Курского, а с февраля 1919 года – Донецкого направлений.

Весной 1919 года (с 5 марта по 9 мая) он командовал 13-й армией, созданной на базе войск Донецкой группы.

В 1920 году Кожевников служил на Волжско-Каспийской флотилии, был комиссаром отряда.

В 1921-м биография его кардинально меняется: он – товарищ министра иностранных дел Дальневосточной республики.

В мае 1921 года Кожевников был направлен эмиссаром в Приморский край для организации партизанского движения. В 1922–1923 годах Кожевников – полномочный дипломатический представитель в Бухарской народной республике и Литве, а в период с 1924 по 1926 год работал в Наркомате почт и телеграфов.

Блестящая для своего времени карьера Кожевникова закончилась 21 января 1926 года, когда он был арестован органами ОГПУ и отправлен на Соловки.

В 1929–1930 годах «Соловецким Криминологическим Кабинетом» была организована «Колония для малолетних преступников. Эта «Детколония», носила официальное название «Исправительно-трудовая колония для правонарушителей младших возрастов от 25 лет».

Начальником «колонии» был заключённый Кожевников.

В 1931 году Кожевников бежал из лагеря, прислав начальству ИСО (информационно-следственного отдела) большой пакет, в котором находился «Манифест Императора Иннокентия I». В манифесте о вступлении на всероссийский престол императора Иннокентия I была обещана амнистия всем заключённым, повелевалось захватить соловецкие суда, взять Кемь и двигаться на Петроград.

Вскоре Кожевников был пойман, жестоко избит (он оказал сопротивление), а затем освидетельствован комиссией врачей-психиатров, причём каждый из врачей осматривал и давал заключения в отдельности. Профессор доктор М. А. Жижиленко (тайный епископ катакомбной церкви) и И. Л. Солоневич дали одинаковые заключения о том, что Кожевников душевно больной параноик, но третий эксперт, врач Шалаевский, заподозрил симуляцию. Тогда из Кеми был вызван на экспертизу известный психиатр профессор доктор В. Н. Финне, подтвердивший душевное заболевание Кожевникова.