Особой зоной рыболовства в водах острова являются коралловые рифы. В частности, риф Тулиара, расположенный вдоль южного берега, является третьим по величине в мире и даёт приют около 400 видам рыб, более 300 видам кораллов и поддерживает почти 20 тыс. профессиональных рыбаков. По данным наблюдений отмечается, что сочетание изменения климата и антропогенного воздействия оказывает разрушительное воздействие на коралловые рифы. Обесцвечивание кораллов и инвазии зелёных водорослей – два прямых последствия изменения климата. Коралловые рифы также деградируют в результате выносимого реками грунта вследствие эрозии, что делает рифы ещё более уязвимыми.

В портовых городах Антсиранана (порт Диего Суарез) и Toaмасина (порт Таматаве) сосредоточены почти все виды рыболовства в восточной части Мадагаскара. Экспортное промышленное рыболовство осуществляется порту Диего Суарез, а полупромышленное – в порту Таматаве.

Конвенция ООН по морскому праву 1982 г. предусматривает, что страны, которые не имеют возможности в полной мере использовать свои рыбные запасы должны предоставить права на отлов третьим странам и тем самым обеспечить финансовую поддержку рыболовству в исключительной экономической зоне. В соответствии с этой конвенцией Европейский союз может использовать свой рыболовный флот во внутренних водах Мадагаскара, так как численность малагасийского рыболовного флота ограничена. Правительством Мадагаскара были установлены экономически выгодные цены на продаваемые лицензии. Это способствовало увеличению европейских квот на рыболовство в малагасийских водах. Сегодня здесь работают суда Испании, Франции, Италии, Португалии, Тайваня, Ю.Кореи, Японии и Великобритании, которые ежегодно вылавливают более 13 тыс. тонн тунца. Несмотря на это инфляционные процессы как на Мадагаскаре, так и в европейских странах снизили доход государства от рыболовства на 90 %, а инвестиции ЕС уменьшились на 20 %.

С 1994 г. постановлением по общей организации морского рыболовства Мадагаскара определён правовой статус рыболовных лицензий и разрешений для национальных и иностранных компаний. Предпочтение отдаётся развитию национального рыболовства, но не запрещается использование иностранных судов и привлечение иностранных инвестиций в развитие отрасли. С учётом мирового рыбного рынка оптимизирована плата за лицензии рыболовным и вспомогательным судам. Выделено несколько типов рыболовства: традиционное с берега или с использованием безмоторных лодок, кустарное – с использованием моторных лодок мощностью до 50 л.с. и промышленное – с использованием судов мощностью более 50 л.с. Любительское рыболовство не предусматривает продажу улова. Классифицированы и рыболовецкие суда: I категории принадлежат гражданам или компаниям Мадагаскара; II категории – арендованные; III категории суда принадлежат иностранным компаниям, которые работают в акватории Мадагаскара и реализуют здесь рыбную продукцию; IV категории – иностранные рыболовные суда, которые не попадают ни в одну из предыдущих категорий.

Лицензия выдается на каждое судно с указанием: зоны рыболовства и срока действия лицензии, видов промысловых рыб и максимальных уловов. Определяются технические средства промысла, условия оплаты и продажи продукции. Министр по вопросам рыболовства и аквакультуры имеет право приостановить или прекратить действие договора или лицензии при нарушении указанных там пунктов.

Международная сельскохозяйственная организация (ФАО) совместно с правительством Мадагаскара контролируют мероприятия по развитию рыбной отрасли, выделяются приоритеты традиционного частного и промышленного рыболовства. Осуществляются проекты с привлечением иностранных инвесторов с учетом долгосрочного прогнозирования. В работе проектов задействованы специалисты министерства сельского хозяйства, животноводства и рыбной промышленности [73].