После государственного переворота система управления парками была разрушена и инвестиции от зарубежных фондов, которые обеспечивали половину годового бюджета правительства, перестали поступать. В этих условиях организованные банды грабили уже не охраняемые тропические леса в парках острова для добычи драгоценных лиственных пород и находящихся под угрозой исчезновения лемуров, отпугивали туристов, которые обеспечивали необходимый стимул для сохранения парков. От вырубок особенно пострадали леса в северной части страны. Вооруженные формирования, вероятно финансируемые за счет зарубежных лесопромышленных трейдеров, а иногда и в сговоре с местными чиновниками, вторглись в национальный парк Марожежи и уничтожали, в основном, розовое и эбеновое (чёрное) дерево [21].

Местным властям удалось перекрыть доступ в этот парк посторонним людям, тогда «чёрные» лесорубы перебрались в парк Масуала – объект Всемирного наследия ЮНЕСКО. Он считается одной из жемчужин охраняемых районов Мадагаскара. Это полуостров, место необычайной красоты, с пышными тропическими лесами, песчаными пляжами, окаймлёнными чистейшим морем с коралловыми рифами. Парк Масуала и соседний – Макира, по оценкам, содержат 50 % биоразнообразия Мадагаскара, занимая менее 2 % от площади острова. Именно в этих местах происходила большая часть массовой вырубки палисандра. По примерным оценкам, в парках пострадало 11–16 тыс. га тропического леса. Было вывезено древесины на сумму около $ 100 млн, в основном – в Китай, для изготовления изделий, которые в итоге продавались в Европе и США.

Кроме вырубки ценных пород деревьев были обнаружены следы охоты на лемуров. Неправительственной организацией «Consevation International», которая работала в тот период на Мадагаскаре, опубликовала фотографии, запечатлевшие груды мёртвых лемуров, обнаруженных у торговцев и в ресторанах в северных городах острова [22].

В целях сохранения экосистемы тропических лесов на Мадагаскаре правительством создаются охраняемые территории. В 2001 г. Министерство окружающей среды и лесов Мадагаскара совместно с Обществом охраны дикой природы начали создавать охраняемый район по проекту «Леса Макира» («Makira Forest»). Проект направлен на сохранение влажных тропических лесов на участках малой и средней высоты в пределах ландшафтов залива Антонгил в северо-восточной части Мадагаскара. В этой области находится один процент от всего биоразнообразия Земли. Территория охватывает леса Макира и Масуала и является одной из самых больших на острове. Разнообразие неповрежденных экологических систем поддерживает среду обитания дикой природы и обеспечивает жизненно важные условия для человека и животных сообществ. В настоящее время в лесах обитает 20 видов лемуров – это самое высокое разнообразие животных среди всех охраняемых территорий Мадагаскара.

В 2003 г., для усиления защиты биоценозов острова была увеличена площадь охраняемых природных территорий более чем в три раза – до 60 тыс. км ^>2 или до 10 % поверхности острова. В 2007 г. шесть из национальных парков были объявлены Памятниками всемирного наследия под названием «Влажные тропические леса Ацинананы». С 2011 г. в состав охраняемых природных территорий включены 5 строго охраняемых заповедников, 21 резерват дикой природы и 21 национальный парк. Разработана национальная стратегия сохранения лесов. Пять проектов охватили почти 1,8 млн га в крупнейших лесных местообитаниях Мадагаскара. К 2014 г. площадь охраняемых территорий увеличена до 7 млн га в 2014 г.

Общество сохранения диких животных (WCS), в сотрудничестве с Министерством окружающей среды и лесов и Министерством национальных парков Мадагаскара, совместно с местными органами власти и другими заинтересованными сторонами, создали многогранную программу для обеспечения длительной целостности охраняемых территорий. Основное место в этой программе занимает экологический мониторинг в полевых условиях и патрулирование с привлечением правоохранительных органов, участие общественности в управлении природными ресурсами. Этот комплексный подход позволяет бороться с угрозами, с которыми сталкиваются охраняемые районы, особенно при растущем спросе на земли сельскохозяйственного назначения, интенсивной охоте на диких животных, незаконной добыче древесины и полезных ископаемых.