В известняковых скалах каменного леса Тсинги известны нескольких эндемичных видов животных, в том числе мангусты (Galidictis grandidieri), слепые пещерные рыбы (Typhleotris madagascariensis), ночные гекконы (Ebenavia maintimainty), сцинк (Mabuya vezo).

Для субгумидных лесов также характерны многочисленные формы млекопитающих, считающихся строго эндемичными: нежный лемур, ряд землероек, тенреков и грызунов [48].

По крайней мере 45 видов млекопитающих встречаются только в субгумидных и равнинных лесах этого региона, в том числе два вида гапалемуров, длиннохвостые тенреки. Из эндемичных и почти эндемичных видов млекопитающих 12 занесены в Красную книгу, 9 – считаются уязвимыми; 2 – находятся под угрозой исчезновения и 1 (нежный лемур) имеет решающее значение. Два эндемичных вида птиц находятся в водно-болотных экосистемах, другие приурочены к полувлажным лесам. Маленькая поганка и мадагаскарский нырок находятся под угрозой исчезновения. В субгумидных лесах обитают уже известные описанные виды и вновь выявленные формы, в том числе 25 строго эндемичных пресмыкающихся и более 20 строго эндемичных земноводных. Это многочисленные формы хамелеонов и карликовых хамелеонов. Другие виды ящериц включают сцинков, гекконов, карликовых гекконов. Есть несколько эндемичных видов змей, амфибий.

Колючие леса заселены шестью видами приматов, представляющих четыре из пяти эндемичных мадагаскарских семей, в том числе в них обитают: Кошачий лемур (Lemur Catta), Краснохвостый Лемур (Lepilemur ruficaudatus), Хохлатый индри (Propithecus verreauxi), лепилемуры (Lepilemur leucopus) и другие. Несколько эндемичных животных обитают на пустынном юге Мадагаскара, включая недавно описанного Мунго грандидье (Galidictis grandidieri) и Мадагаскарскую черепаху. Виды рептилий, эндемичных для этого региона: хамелеоны (Furcifer belalandaensis и F. Antimena), лучистая черепаха (Geochelone Radiata), ночные гекконы (Ebenavia maintimainty, Matoatoa brevipes), змея Liophidium chabaudi. Для колючих лесов эндемиками являются 8 видов птиц, некоторые из которых встречаются на ограниченных территориях.

Традиционный запрет на охоту двух местных племён (Antandroy и Mahafaly) защищают здесь многие виды животных. Однако, с увеличением перемещения людей по всему региону, запрет на охоту на некоторых животных становится всё менее эффективным в качестве средства их защиты [69].

В мангровых лесах прибрежных районов на западе острова встречаются некоторые эндемичные птицы Мадагаскара, где они используют заросли и водно-болотные угодья. Это мадагаскарские: цапля, чирок-свистунок, зуёк, долгохвост, зимородок (Stattersfield & all, 1998). Леса важны для мигрирующих видов птиц. Морские черепахи, в первую очередь, – зелёная черепаха и бисса обитают вдоль западного побережья и изредка встречаются в мангровых лесах. Исчезающие виды растений и животных (дюгоней, нильский крокодил) также в них найдены. В манграх и в соседствующих с ними коралловых рифах обитает большое разнообразие рыб, моллюсков и ракообразных.

Экологическая устойчивость представляет собой концепцию, которая получила всеобщее внимание в последнее время. Необходимость сохранения устойчивого развития биоценозов становится всё актуальнее из-за сокращения среды обитания, охоты на диких животных, роста населения и его бедности [1]. В процессе эволюции на Мадагаскаре сформировалось уникальное разнообразие биологических ресурсов с очень высоким уровнем эндемизма, которое сосредоточено главным образом в восточной части острова в дождевых лесах. С появлением людей на острове флора и фауна начали подвергаться изменениям с высокой скоростью, что привело к смене среды обитания и к исчезновению видов. Многие из оставшихся видов находятся под угрозой вымирания.