Примерно в XI веке Шуярлхобо, еще один ученик мастера Шенчен Лхуга, построил монастырь Гикаришанг. Это главный монастырь религии бон, построенный во славу ее Великого Совершенства. Чтобы развивать и продвигать тантрические каноны бон, Палтунбейкой, один из любимых учеников мастера Шенчен Лхуга, сначала создал простое место для медитации, затем на его основе постепенно построил большой монастырь, занимавшийся тантризмом религии бон.
Выдающийся монах по имени Мэйво Корпарбейкин примерно в XI веке основал знаменитый монастырь Самри, который является основным местом, где изучают философию религии бон.
Эти четыре монастыря религии бон расположены в префектуре Шигадзе Тибетского автономного района. Что касается содержания религиозной практики, монастыри Ярупенхарса и Самри в основном делали акцент на схоластике, в то время как Гикаришанг и Палтунбейкой создали тантрические центры и сосредоточились на распространении и практике Сутры Сердца и медитации. С конца XIV века эти четыре культовых места пришли в упадок. В настоящее время восстановлен только монастырь Самри, остальные превратились в развалины.
После упадка монастырей религии бон, построенных ранее, во время второй волны распространения тибетского буддизма возобновилось строительство монастырей.
В XIV веке в префектуре Гьялрунг провинции Сычуань появился почетный мастер религии бон. Его звали Ньямед Шераб Гьял-цен (1356–1415), он занимал высокое положение в истории религии.
Ньямед Шераб Гьялцен прибыл в Шигадзе и стал внедрять религию бон, проводя ритуалы и обряды. В 1405 году он создал монастырь Манри (в др. источниках – Менри). Расположенный в Намульхине префектуры Шигадзе, он сегодня не только имеет исключительную репутацию во всех тибетских районах, но и считается главным монастырем религии бон. В настоящее время туда прибывает бесчисленное количество паломников.
Дава Гьялцен, сановник религии бон, родился в 1796 году, с раннего возраста систематически изучал доктрины этой религии, а в 1834 году построил небольшой монастырь около Манри в префектуре Шигадзе – знаменитый Юнгдрунг Линг. Расположенный в деревне Рела Намлхин в уезде Шигадзе монастырь, обращенный на восток, к реке Ярлунгцангпо, превратился в один из самых крупных бонских монастырей страны. В нем проживает более 60 монахов, а в период его расцвета их было почти 500. С момента основания монастырь Юнгдрунг Линг пользовался огромным влиянием. Например, кампос (главный настоятель) всех монастырей религии бон Тибета и других районов назначался именно здесь. Масштабная религиозная деятельность, включающая чтение лекций о доктринах и практиках, ежегодно проводится в монастыре и привлекает тысячи людей со всего тибетского региона.
Ритуал в монастыре религии бон в уезде Цзиньчуань, префектура Аба, провинция Сычуань
Монастырь Цедруп на горе Цедруп, провинция Гуандун, округ Тенчун, префектура Чамдо, Тибет
Зал сутр монастыря Цедруп
Молитвенная хижина монастыря ЦедрупМонахи монастыря Цедруп
Кроме того, есть еще монастырь Карна, к западу от Манри, который является одним из трех монастырей религии бон (двумя другими были Манри и Юнгдрунг Линг). По значимости они сопоставимы с тремя монастырями школы Гелуг тибетского буддизма, находящимися в Лхасе. В настоящее время префектуры Нагку и Чамдо уступают Шигадзе по количеству бонских монастырей.
Согласно исследованиям, в период правления Далай-ламы V религия бон и школа Гьянам тибетского буддизма неоднократно подвергались преследованиям. Несколько бонских монастырей, особенно в Коинбо, были превращены в монастыри школы Гелуг. В Бейли, префектура Кхам, произошло чрезвычайно важное событие. Буддийские верховные служители в Тибете использовали монгольские войска, чтобы уничтожить своих религиозных соперников. Однако религия бон избежала разрушительной участи, постигшей школу Гьянам, приверженцы которой были изгнаны из центрального Тибета. В этот период преследование иных конфессий властями продолжалось во многих местах. В течение многих лет префектура Гьяронг была верховной штаб-квартирой религии бон и успешно сопротивлялась вторжению маньчжуров. Поэтому императору Цяньлуну пришлось обратиться за помощью к своему духовному наставнику Чанкье Ролпай Дордже (1717–1786), реинкарнированному тулку из школы Гелуг, чтобы справиться с бескомпромиссными последователями религии бон при помощи божественной силы.