Вспоминает Маршал СССР, дважды Герой Советского Союза И. Х. Баграмян: «Командующий ВВС фронта и его штаб тем временем стремились наладить управление авиачастями. Это было нелегко. Внезапными ударами с воздуха враг в первые же часы нападения причинил чувствительный урон нашему самолетному парку, нарушил связь командования с аэродромами. Командиры авиационных дивизий действовали на свой страх и риск… Только к вечеру генералу Птухину в крайне трудных условиях удалось восстановить управление авиационными частями и перейти к организованным действиям. Стало известно, что за день наши летчики сбили 46 фашистских самолетов. Но и наших немало погибло в неравных воздушных схватках»[49].

24 июня 1941 года генерал-лейтенант Е. С. Птухин был отстранен от руководства ВВС Юго-Западного фронта и арестован. Вместе с обвинениями в халатности и бездеятельности, повлекшими уничтожение авиации в первые дни войны, генерал-лейтенант Птухин обвинялся в «участии в военной заговорщической организации, по заданиям которой они проводили вражескую работу, направленную на поражение Республиканской Испании, снижение боевой подготовки ВВС Красной Армии и увеличение аварийности в ВВС РККА».

29 января 1942 года Л. П. Берия направил Сталину список 46 арестованных, «числящихся за НКВД СССР». В нем находились 17 генералов и некоторые крупные работники обороной промышленности, арестованные в мае – июне 1941 года. Все они обвинялись во вредительстве и заговоре. Против фамилии генерал-лейтенанта авиации Е. С. Птухина указывалось: «1900 года рождения, бывший член ВКП/б/ с 1918 года, из крестьян. До ареста – командующий ВВС КОВО, генерал-лейтенант авиации. Арестован 24/VI 1941 года. Уличается показаниями Смушкевича, Чернобровкина, Юсупова, Иванова и очной ставкой с ними, как участник антисоветского военного заговора. Дал показания, что с 1935 года являлся участником антисоветского военного заговора, куда был завербован Уборевичем, но от данных показаний отказался, признав, что преступно руководил вверенными ему войсками»[50]. Вождь народов наложил лаконичную резолюцию: «Расстрелять всех поименованных в списке. И. Сталин».

13 февраля 1942 года постановлением Особого совещания НКВД СССР генерал-лейтенант Е. С. Птухин был приговорен к высшей мере наказания – расстрелу. 23 февраля 1942 года приговор в отношении его был приведен в исполнение. Ввиду того, что последнее время генерал-лейтенант Птухин содержался в Саратовской тюрьме, можно предположить, что казнь была совершена там же. Точное место захоронения неизвестно.

В 50-е годы ХХ века вдова Героя установила в Москве на Новодевичьем кладбище памятный знак, обозначив символическую могилу Героя Советского Союза генерал-лейтенанта авиации Е. С. Птухина.

6 октября 1954 года постановлением Военной коллегии Верховного Суда СССР Герой Советского Союза генерал-лейтенант авиации Е. С. Птухин был реабилитирован за отсутствием в его действиях состава преступления.

Евгений Саввич Птухин прожил короткую, но яркую жизнь. Вся она была посвящена беззаветному служению Родине, защите ее рубежей и укреплению обороноспособности. Незаурядные способности быстро выдвинули его в число передовых авиационных командиров страны. Везде, куда бы ни был направлен, Евгений Саввич показывал себя умелым организатором и воспитателем личного состава, настоящим знатоком военного дела. Знание специфики авиации позволяло ему активно воздействовать на летчиков, техников, механиков и других авиационных специалистов. Е. С. Птухин прошел 3 войны: Гражданскую, бои в Испании и Финскую. Он многое мог бы сделать для Родины в тяжелые годы Великой Отечественной. Но судьба распорядилась по-иному…