В 1634 г. Никон покинул скит и поплыл на материк в небольшой лодке с мужиком – помором. В буре они едва не погибли, и спаслись, пристав к Кий-острову в Белом море вблизи устья реки Онеги; на месте их спасения на острове Никон своими руками поставил памятный деревянный крест (в тогдашней России – самое обычное дело) «и обещася тамо на оном месте идеже крест водрузи, аще Бог восхощет и подаст ему святую помощь, устроити монастырь Крестный» [139, с. 241]. Если бы Никон хотел, покидая Анзер, оставить подвижнический путь и продолжить карьеру в Москве или Новгороде, т. е. «вовсе уйти из Поморья, проще было бы совершить более короткое и безопасное плавание на Суму или Сороку, откуда шел путь в Новгородские земли. Однако он поплыл <с Анзера> на онежское устье» [47, с. 239]. Доплыв после бури до берега, Никон прошел оттуда лесом 120 верст (в том числе 10 дней без пищи – не очень страшно для тогдашнего русского монаха из крестьян; но именно монах из крестьян понимал, как страшно встретить в лесу волка или рысь, и как много их в огромном лесу) до Кожеозерского монастыря Каргопольского уезда и стал тамошним монахом, вложив для этого в монастырь все свое имущество – собственноручно переписанные Полуустав и Канонник. В Кожеозерском монастыре он отшельничал на маленьком островке (отшельничал «чином Анзерския пустыни» [230, с. 158], что тоже свидетельствует о его добром отношении к Анзерскому скиту), и через три года, по смерти игумена, был избран братией на его место. Поставлен во игумена он был в Новгороде в 1643 г., и в 1646 г. по делам монастыря приехал в Москву.

Характер Никона – двойственен; с одной стороны, он – настоящий подвижник, избравший себе не подмосковный, а самый северный скит с самым суровым климатом, монах, стремящийся к духовному деланию в пустыне и сумевший этим, без какой-либо протекции, стяжать уважение и любовь как прп. Елеазара, так и Кожеозерской братии (в этом монастыре было, естественно, много иноков из местных крестьян, но были и «высокообразованные иноки <…из> ссыльных опальных бояр» [47, с. 239]. Выбирали игумена, конечно, все). Подвижником он был всю свою жизнь; так, удалившись с патриаршего трона, живя в Новоиерусалимском монастыре и руководя его строительством, он «прият на ся вериги железныя и вдадеся молитвам и посту и воздержанию сам собою беспрестанно надзирати, и плинфы носити на руках своих и на раменах…Таже…начат окрест монастыря пруды копати и рыбы сажати и мельницы устроивати и всякие овощные сады насаждая, такоже с братиею и лес секуще, поля к сеянию расширяюще, из болота же рвы копающе, сену кошение устрояюще и сено гребуще, везде же труды труждаяся, сам собою во всем образ показуя» [230, № 24, с. 145–146].

С другой стороны, он честолюбив; на Анзере «Никон получил из Москвы известие, что бывшая жена его не пожелала принять монашества, а готовится вступить в новый брак. <…> Это означало конец его духовной карьеры <, т. к. монах, бывшая жена которого вышла замуж, лишался права священнодействовать, и, поэтому, стать иеромонахом, архимандритом, и т. д.>. Он стал писать письма московским сродникам и не успокоился, пока не узнал, что пострижение <жены> состоялось» [47, с. 236], хотя пустынножителю, у которого в мыслях не карьера, а покаяние и спасение, должно быть безразлично, замужем ли его бывшая жена и какие, в связи с этим, его ждут чины. Так же и во всей своей будущей жизни он был и тружеником и молитвенником, и властолюбцем и строгим и безжалостным начальником и распорядителем на всех своих высоких постах. Двойственность очень яркая.