В 1634 г. Никон покинул скит и поплыл на материк в небольшой лодке с мужиком – помором. В буре они едва не погибли, и спаслись, пристав к Кий-острову в Белом море вблизи устья реки Онеги; на месте их спасения на острове Никон своими руками поставил памятный деревянный крест (в тогдашней России – самое обычное дело). Доплыв после бури до берега, Никон прошел оттуда лесом 120 верст (в том числе 10 дней без пищи – тоже не очень страшно для тогдашнего русского монаха из крестьян; этого нельзя сказать о волках и рыси) до Кожеозерского монастыря Каргопольского уезда и стал тамошним монахом, вложив для этого в монастырь все свое имущество – собственноручно переписанные Полуустав и Канонник. В Кожеозерском монастыре он отшельничал на маленьком островке, и через три года, по смерти игумена, был избран братией на его место. Поставлен во игумена он был в Новгороде в 1643 г., и в 1646 г. по делам монастыря приехал в Москву.

Здесь он сразу так понравился впечатлительному и эмоциональному молодому царю (с которым его познакомил Вонифатьев), что тот оставил его при себе, дав исключительно почетную должность архимандрита Ново-Спасского монастыря – родового монастыря-усыпальницы Романовых – предков царя. Кроме симпатии, царь чтил Никона и как послушника, постриженника, ученика, соподвижника, сомолитвенника и сотрудника прп. Елеазара Анзерского, о котором ему рассказывал его отец – царь Михаил Федорович – , что по его молитвам родился он сам – царевич Алексей. Вероятно, используя такую выгодную ситуацию, Никон скрыл от молодого царя свою ссору с Елеазаром. Он стал самым близким к царю, наряду с духовником Стефаном, духовным лицом, виделся с царем почти ежедневно, по пятницам служил в дворцовой церкви, протежировал ищущих царской милости и стяжал популярность при дворе и среди духовенства, украсив Ново-Спасский монастырь и заведя в нем более строгие порядки. Царь даже поручил ему ведение своей личной канцелярии по вопросам благотворительности и челобитных; он докладывал царю об их недельном поступлении после ежепятничных богослужений, то есть без волокиты. Он подружился со Стефаном, Нероновым, Ртищевым и другими сторонниками обновления и исправления русских церковных порядков; единственный среди них монах, он явно для всех был на пути к высшим иерархическим должностям, для достижения которых было необходимо, по русской традиции, монашество. В 1649 г. он стал митрополитом Великого Новгорода, вероятно, самым молодым за всю его историю; несомненно, не потому, что царь хотел отдалить его от себя, но потому, что он, как помощник, нужен был царю на вершине иерархической лестницы – на патриаршей кафедре – , а последней ступенью этой лестницы должна была стать (как не раз в русской истории бывало до и после Никона) кафедра Новгородская.

Царь Алексей Михайлович дал новому митрополиту особые полномочия: 1) вероятно, доверив ему, которому он доверял, как никому другому, срочно необходимое по тому времени умиротворение Новгорода, кипящего недовольством против власти Москвы; 2) вероятно, по внушению и просьбе самого Никона, считавшего, что власть церковная должна стоять выше власти гражданской, и выговорившего себе возможность осуществить этот принцип (объясняющий весь его фантастический жизненный путь) в своей митрополии. Фактически эти особые полномочия были ни чем иным, как изъятиями (по разным вопросам) Новгородской митрополии из общего порядка «Уложения» 1649 г.

Это «Уложение», ограничившее привилегии церковного суда и свободу управления церковным имуществом, русские епископы восприняли как не заслуженную чем-либо обиду и притеснение. Они были вполне правы с точки зрения глубоко усвоенного русскими византийского канонического права и, действительно, обижены незаслуженно, но их правота, заслуги, обида и каноны неизбежно должны были отступить перед экономическими нуждами молодого крепнущего государства.