Арестован будущий отец Михаил был по абсурдному обвинению. Но именно в лагерях Господь дает особое знание, приобретенное опытным путем, необходимое для устроения жизни. Многие духовники именно через лагеря приобретали опыт понимания человеческих душ, потом способствуя спасению людей. Даже в этих невыносимых условиях в душе его все проясняется, и о. Михаил молится: «Господи, благослови новую страницу в моей жизни». Внутреннее чувство радости пострадать за Бога согревало его в течение многих трудных лет заключения. Отец Михаил ощутил такую радость от понимания близости Бога, что сокамерники в тюрьме даже начали сомневаться в его вменяемости.

Однажды после тяжкого лагерного трудового дня изнуренный голодом и болезнью, уже не способный передвигаться отец Михаил был помещен в палату № 2 – «мертвецкую», в которой к утру в живых осталось только несколько человек. И только Господней волей, иначе нельзя объяснить, обессиленный, в луже собственных испражнений, отвернуться от которых уже не доставало сил, он был обнаружен и узнан бухгалтером лагеря во время проверки. Это его и спасло. То есть он был брошен в эту комнату, казалось бы, умирать, но так сложилось, что именно в этой комнате его нашел знакомый, который и позаботился о нем.

В лагере ему предложили стать секретным осведомителем, но он отказался, за что и был отправлен в штрафную командировку (аналог Секирной горы на Соловках). А командование лагерного пункта получило указание уничтожить этого заключенного. Михаил Труханов слыл образованным человеком, имел кличку «Профессор» и до ссылки был студентом геодезического института, поэтому к нему начальство лагпункта обратилось с «просьбой» прославить лагпункт на весь Союз по выполнению плана работ. По молитвам Господь вложил ему идею, как рационализировать работу вагонетки и распила дров, чтобы обеспечить повышение эффективности на 200–300 %. Таким образом отец Михаил не только выжил в лагере, но и был охраняем начальником лагерного пункта.

Позднее Михаила Труханова отправили в поселение без права выхода. Однако там его ждали только голод и смерть, но уже в качестве свободного гражданина. Полное отсутствие работы, питание один раз в неделю в гостях, если приглашали, на буднях – жил впроголодь. Утром в один из дней его выселили из съемной комнаты (хозяева комнаты Господним изволением были обличены в подмене картофеля, и их картофельное поле вымерзло; рассердившись на жильца, из-за которого все произошло, они решили его прогнать). Положение казалось безвыходным, но непостижимым образом знакомому отца Михаила приснился сон с настойчивым призывом отдать 25 рублей Михаилу. Так Божиим промыслом появились средства и на квартиру, и на пропитание.

Оказавшись в лагере во время эпидемии тифа, о. Михаил служил эпидемиологом и начальником бактериологической лаборатории, не имея при этом медицинского образования. Все эти знания были получены по молитвам Богу. «Вот перед Богом говорю, что я ни одного шага не делал ни в один медицинский институт. Но я знаю Того, кто знает все. Если Он мне даст по благодати для того, чтобы это было жизнеспасительно, – для меня или для кого-то – вот тогда Господь дает знание. Такое знание, что никогда никто из тех, кто учился в институтах, академиях, с этими знаниями спорить не будет». Как оказалось, в докладах отец Михаил приводил материалы из специализированной литературы, опубликованной во время его заключения, использовать которую у него просто не было возможности.

Отец Михаил мечтал учиться в семинарии, но обстоятельства не позволяли. Уже после лагерей он служил помогающим священником, и к нему обращалась значительная часть паствы. Настоятель храма завидовал и в результате написал клеветнический донос, что отцом Михаилом во время служения Литургии искажается Евхаристический канон. О. Михаила запретили в служении, но неожиданно, чтобы разобраться с этим делом, настоятеля храма вызвали лично к патриарху Алексию, где и раскрылась клевета. Тогда, чтобы восстановить справедливость, по благословлению Патриарха и вопреки возрастному цензу о. Михаила приняли в семинарию. Так по действию Промысла Божия свершилось то, о чем он давно мечтал. И таких ситуаций в жизни отца Михаила Труханова было много.