В составе делегации ЕАК Котляр два раза ездил в Америку для сбора еврейских пожертвований в пользу Красной армии и пострадавших евреев. Делегации ЕАК во главе с актёром Михоэлсом собрали в бюджет СССР громадные суммы денег, величины которых до сих пор держатся в тайне. В 1948 году работавший на общественных началах Президиум и более ста активных членов ЕАК, участвовавших в приёме и сопровождении американских делегаций в СССР, были арестованы и осуждены на расстрел как шпионы американской и британской разведок.

Как позже узнал из архивных документов младший сын Котляра, Эрик, Сталин вычеркнул из расстрельного списка всемирно известного академика Лию Штерн и Котляра. Он почти два года отсидел в Лубянской тюрьме в камере на две персоны. Котляра не били, не пытали, и даже не истязали ночными допросами. Его соседом по камере был тот самый монархист и черносотенец Шульгин, которому в 20-м году заменили расстрел пожизненным заключением. Его потом помиловал Хрущёв. Про поездку Шульгина по Москве, которую он увидел после 40 лет жизни в Лубянской тюрьме, был снят кинофильм с его двусмысленными комментариями.

Следователи требовали на допросах, чтобы Котляр подписал признания в шпионаже и оговорил десятка два людей, как своих сообщников. Однажды его вызвал новый следователь, который сначала бил его по щекам, а потом ударил ногой. Бывший плотник Котляр одним ударом свалил хлипкого лейтенанта на пол, избил его ногами до потери сознания, и затолкнул в камин, который был в этой комнате. Потом Котляр нажал на кнопку вызова охраны, подошёл к двери, и сказал охраннику: «веди в мою камеру».

Спас Котляра Шульгин, которого заманили в СССР из эмиграции и осудили на пожизненное заключение в Лубянской тюрьме. Он сидел уже 30 лет в одной и той же Лубянской двухместной камере, но с разными соседями. Когда он узнал об ужасном поступке Соломона, он сказал, что надо немедленно позвать старшего дежурного следователя для признания Котляром всех обвинений, но без оговоров других людей. После этого дело считается завершённым, выносится приговор «суда», и арестованного увозят с Лубянки либо на расстрел, либо на пересыльный пункт. Если это произойдёт за ближайшие несколько часов, то возможно, что за это время никто не хватится избитого следователя, и он сам не придёт в себя. Всё так и было сделано, и Котляру через полтора часа присудили давно уже назначенные для него 10 лет лагерей. На пересыльный пункт избитый следователь не поехал, поскольку за позор чекистского мундира его бы самого наказали.

Следующий раз Котляру повезло, когда множество осуждённых по разным уголовным и политическим статьям поставили в два ряда перед товарными вагонами отправляемого на Север поезда. Перед шеренгой медленно шёл начальник конвоя поезда вместе с двумя лейтенантами и несколькими сержантами. В нём Котляр узнал начальника своей личной охраны во время руководства Терским обкомом партии. Тот демонстративно посмотрел время на именных золотых часах, которыми его ранее наградил Котляр, и этим показал, что он тоже узнал Котляра. (До этого часы принадлежали расстрелянному царскому полковнику). Пройдя шагов 20, начальник конвоя остановился и вместе с одним из лейтенантов вернулся назад, указал на Котляра, и что-то ему сказал. Когда по сотне человек начали заводить в каждый вагон, этот лейтенант выделил трёх самых здоровых мужиков. Он ткнул пальцем в Котляра и сказал бандитам, что вот этот человек будет всю дорогу стоять или сидеть у окна вагона, а они будут рядом и его оберегать. Лейтенант записал их фамилии и обещал их особо отметить после приезда на место, если они «довезут вот этого до места».