19 января, в свой день рождения, Патриарх Тихон предал анафеме «безумцев», которые «гонения воздвигли на истину Христову», сеют семена «ненависти и братоубийственной брани». Собор одобрил этот документ, принял воззвание к православным объединяться для защиты святынь. Но 23 января последовал новый удар. Ленинское правительство опубликовало собственный закон о «правовом статусе» – «Декрет об отделении церкви от государства и школы от церкви». Провозглашалась «свобода совести», запрещались «преимущества и привилегии» каких-либо вероисповеданий. Религиозные общества вообще лишались юридического лица, их имущество признавалось «народным достоянием». Христианское воспитание детей возбранялось. Впрочем, разве не адекватным воздаянием это выглядело? Права Церкви, ее имущество и богатства даровали и обеспечивали Русские Цари. Но ведь она сама предала Царя, отвергла собственного защитника!

Собор пробовал протестовать против ленинского декрета. Принял постановление и обращение к православным людям. Отмечал, что под видом свободы совести осуществляется «полное насилие над совестью верующих». Однако новая власть не обратила внимания на такие протесты. Продолжались эксцессы вокруг храмов и монастырей, убийства священнослужителей. Митрополит Киевский Владимир (Богоявленский) имел в Церкви очень высокий авторитет, ранее он возглавлял кафедры в Москве и Петрограде. Причем до революции он числился среди оппозиционных, «прогрессивных» архиереев. 4 марта именно он вынес из Синода кресло Царя. Но теперь он в полной мере столкнулся с плодами переворота. В Киеве бушевали «автокефальники», захватывая храмы. А монахи заразились «революционным духом», начали создавать свои советы и «самоуправляемые коммуны». Когда Киев заняли большевики, эти монахи нажаловались красногвардейцам на «контрреволюцию» митрополита (то есть его усилия удержать порядок). Он был зверски умерщвлен.

В Неделю Торжества Православия в 1918 году Русская Церковь в последний раз отслужила традиционный чин провозглашения анафемы на врагов христианства. Но он уже был исправлен. Церковное проклятие изменникам Престолу и Отечеству из этого чина удалили. Вместо этого Поместный Собор предал анафеме «восстающих на святые храмы и обители, посягающих на церковное достояние, поношающих и убивающих священников Господних и служителей веры». А 5 (18) апреля было принято постановление, вводившее в церковный календарь новую дату, «ежегодное молитвенное поминовение… всех усопших в нынешнюю годину гонений Исповедников и Мучеников». На тот момент их в списках Синода значилось 17. Приняв также Приходской устав, вторая сессия Собора завершилась.

Третья открылась 19 июня (2 июля). Планировали обсудить вопросы о монастырях, о механизмах деятельности органов церковного управления. Но реалии российской катастрофы опять все ломали. Поступило известие о цареубийстве. И оказалось, что революционные настроения на Соборе еще не угасли, хотя число их сторонников заметно поубавилось. Даже вопрос, служить ли панихиду по убиенному Государю (о гибели Семьи еще не знали), решался голосованием! Но из 143 присутствующих против высказались лишь 28, а 3 воздержались. Панихиду Патриарх Тихон все-таки отслужил.

Надо сказать, что советская власть отнюдь не препятствовала работе Собора. Нет, она просто игнорировала Собор как пустое место. Случаев вандализма в храмах и монастырях, погибших священников и монахов, становилось все больше. Один за другим погибали и видные архиереи. Были убиты члены Поместного Собора епископ Балахнинский Лаврентий (Князев), епископ Верненский и Семиреченский Пимен (Белоликов). Собор опять пробовал заявить о себе. Для расследования убийства архиепископа Андроника Пермского направил комиссию – епископа Василия Черниговского (Богоявленского), архимандрита Матфея (Померанцева), мирянина Алексея Зверева. Но комиссия из Перми не вернулась, большевики всех уничтожили.