За 18—23 июня, несмотря на перевод на северный участок свежего пополнения (прибывшего 12—13 июня на крейсере «Молотов» и эсминцах) в 2600 человек, все советские войска выше Северной бухты либо были уничтожены, либо сдались после израсходования всех боеприпасов, либо продолжали отбиваться в изолированных укреплениях и укрытиях (типа Константиновского форта, который последние защитники покинули вплавь утром 24 июня).

18 июня были повреждены (и авиацией, и артиллерией) корабли со снабжением, включая лидер «Харьков», а крейсер «Коминтерн» отказался входить в бухту.

С этого момента немецкая артиллерия могла обстреливать Северную бухту, и подвоз подкреплений и боеприпасов в нужном объеме стал невозможен.

Однако внутреннее кольцо обороны ещё сохранилось, инженерные укрепления Севастополя были велики, и их лобовой штурм не предвещал немцам ничего хорошего.

27 июня вся зенитная артиллерия СОР (кроме Херсонского аэродрома) осталась без боеприпасов, натиск вражеской авиации усилился многократно – даже завезенные ночью боеприпасы было трудно доставить к линии фронта. Орудия без снарядов стали стягивали к районам от бухты Стрелецкой к бухте Казачей (севернее мыса Херсонес).

30 июня пал Малахов курган. К этому времени у защитников Севастополя стали заканчиваться боеприпасы, и командующий обороной вице-адмирал Октябрьский получил разрешение ставки ВГК на эвакуацию. План эвакуации предусматривал вывоз только высшего и старшего командного состава армии и флота, партактива города. Эвакуация остальной части военнослужащих, в том числе и раненых, не предполагалась.

Эвакуация высшего командования началась с помощью авиации. 13 самолетов ПС-84 вывезли на Кавказ 222 начальника и 49 раненых. Около 700 человек начальствующего состава были вывезены подводными лодками. Ещё несколько тысяч смогли уйти на лёгких плавсредствах Черноморского флота. Командующий Приморской армии генерал Петров был эвакуирован на подводной лодке Щ-209 вечером 30 июня.

1 июля сопротивление защитников самого города прекратилось. Далее сопротивление было спонтанным, кроме мыса Херсонес и отдельных разрозненных очагов, в которых отдельные группы советских воинов продолжали сражаться вплоть до 9—12 июля.

3 июля 1942 года Совинформбюро дало сводку о потере Севастополя:

Результаты обороны

За взятие Севастополя командующий 11-й армией Манштейн получил звание фельдмаршала, а весь личный состав армии – специальный нарукавный знак «Крымский щит».

Медаль «За оборону Севастополя». Награждены 52 540 советских солдат и офицеров. Вполне возможно, что и Яков Епифанович награжден этой медалью, но пока это невозможно узнать.

Потеря Севастополя привела к ухудшению положения Красной Армии и позволила немецким войскам продолжить наступление к Волге и на Кавказ. Была потеряна более чем стотысячная группировка, располагавшаяся на стратегически важном участке фронта. Советская авиация более не могла угрожать румынским нефтяным промыслам в Плоешти, советский флот потерял возможность действовать на коммуникациях противника в северной и северо-западной части Чёрного моря. Помимо закалённых в боях бойцов Приморской армии, были потеряны квалифицированные кадры из числа жителей города-крепости.

По мнению Манштейна, после взятия Севастополя силы подчиненной ему армии следовало перебросить через Керченский пролив на Кубань, чтобы отрезать пути отхода Красной Армии, отступавшие перед группой армий «А» с нижнего Дона к Кавказу, или, по крайней мере, держать в резерве позади южного фланга, что возможно, предотвратило бы разгром немецких войск под Сталинградом. Немецкое командование, в разгар летнего наступления, было вынуждено дать частям 11-й армии и румынских корпусов отдых продолжительностью шесть недель, который был использован для получения пополнений. Сам Манштейн до 12 августа находился в отпуске в Румынии. Однако после его возвращения выяснилось, что из 13-ти дивизий, 3-х бригад и шести корпусных управлений, задействованных на Крымском полуострове, для дальнейших операций можно было использовать только четыре дивизии и два корпусные управления.