По сути, Баптистская больница стала одним из последних медицинских учреждений южных штатов страны, где вступил в силу закон об отмене расовой сегрегации. «Медикэр» и другие федеральные страховые программы в сфере здравоохранения заработали в середине 1960-х, и больницы не могли получать соответствующие выплаты, если в них в той или иной форме имела место расовая сегрегация или дискриминация. Белые баптисты отказывались участвовать в федеральных страховых программах, предусматривавших подобные условия. «Мы убеждены, – говорилось в заявлении администрации баптистской больницы, обнародованном в 1966 году, – что сможем гораздо лучше служить всем людям, если будем свободны от ограничений и препятствий, создаваемых правительством, которое пытается диктовать нам, как должна работать эта больница и каким образом должно осуществляться управление ею».

Многие жители Нового Орлеана писали в администрацию Баптистской больницы письма в поддержку ее позиции. «Приятно осознавать, – говорилось в одном из таких посланий, – что есть еще люди, которые не подчиняются диктату социалистов». «Хочу поздравить руководство больницы с тем, что оно не поддается давлению федерального правительства, которое пытается лишить представителей бизнеса и профессиональных сообществ этой страны их законных прав», – отмечал автор другого письма, выдержанного в том же духе.

Понемногу принимать пациентов-афроамериканцев в больнице начали в 1968 году после того, как Южная баптистская конвенция одобрила и распространила заявление о недопущении расовой дискриминации. В ноябре следующего года больница стала участвовать в страховых программах «Медикэр» для людей преклонного возраста независимо от цвета кожи, чтобы «облегчить финансовое бремя, с которым связано оказание медицинской помощи пожилым пациентам», как пояснил один из представителей администрации в больничном бюллетене. В 1969 году федеральное правительство объявило о том, что Южная баптистская больница полностью соблюдает Закон о гражданских правах 1964 года. Решение присоединиться к страховой программе «Медикэр» положительно сказалось на финансовом положении лечебного учреждения. За первые же две недели после того, как оно вступило в силу, количество пациентов старше 65 лет в Южной баптистской больнице почти утроилось.

Однако напряженность, связанная с расовой проблемой, полностью не исчезла. Даже десять лет спустя, в 1979–1980-х годах, по меньшей мере шесть работников больницы обвинили администрацию в расовой дискриминации, обратившись в Комиссию по соблюдению равноправия при трудоустройстве. На эту организацию был возложен надзор за соблюдением основных положений Закона о гражданских правах 1964 года (по крайней мере в двух из упомянутых шести случаев комиссия не нашла оснований признать выдвинутые обвинения). Один из шести сотрудников больницы, обратившихся в комиссию с жалобой, инженер-афроамериканец Иссак И. Фрезель, подал на Южную баптистскую больницу в суд. Он заявил, что лечебное учреждение нарушило его права, предоставленные ему Законами о гражданских правах 1964 и 1866 годов. Это выразилось в том, что администрация больницы назначила ему испытательный срок за «несанкционированные изменения в графике смен», исключила из списка кандидатов на повышение в должности и в конечном итоге уволила. Истец указал, что его белый коллега совершил такие же нарушения, но при этом никакого наказания не понес. Суть возражений адвоката, защищавшего больницу, сводилась к тому, что администрация не сделала ничего противозаконного. В конце концов иск был урегулирован в досудебном порядке, причем сумма соглашения нигде не упоминалась.