Террористы, тем не менее, продолжали наносить по России удар за ударом.14 мая 2003 г. на религиозном празднике в селе Илисхан-Юрт три женщины-смертницы взорвали пояса шахидов, в результате чего погибли 26 и были ранены 150 человек. 5 июня в Моздоке (Северная Осетия) женщина-смертница взорвала пояс шахида в автобусе, погибли 19 человек, ранены 12. 5 июля 2003 г. в Москве в Тушино подорвались две смертницы, 16 убитых, 40 раненых. 10 июля не удалась попытка взорвать кафе в Москве на Тверской, смертница арестована, при разминировании бомбы погиб сапер ФСБ. 1 августа 2003 г. в Моздоке террорист-смертник взорвал военный госпиталь, по официальным данным погибло 50 человек, 80 ранены (есть основания подозревать, что число пострадавших было занижено). 3 сентября 2003 г. террористы взорвали электричку Минеральные Воды – Кисловодск, пятеро погибших, более 50 раненых. 5 декабря 2003 г., накануне парламентских выборов, вновь была взорвана электричка Минеральные Воды – Кисловодск, 44 погибших, десятки раненных. 8 декабря, на следующий день после выборов, террористка-смертница, направлявшаяся с поясом шахида в Государственную Думу, взорвалась у гостиницы «Националь» (шестеро погибших, раненые). 6 февраля 2004 г. в час пик был взорван вагон в московском метро, погибло около 40 человек, более 100 – тяжело ранены. В конце августа 2004 г. в России было совершено несколько терактов: взрыв автобусной остановки на Каширском шоссе в Москве, взрывы двух пассажирских самолетов, взрыв у метро «Рижская».

1 сентября 2004 г. группа террористов захватила школу в североосетинском городе Беслане, взяв в заложники около 1000 человек, в том числе множество детей. 3 сентября 2004 г., во время операции по освобождению заложников, погибло более 300 человек, среди них более 100 детей.

Вместе с ростом числа жертв терактов росло и число обезвреженных террористов в докладах Патрушева. 5 октября 2004 г. он заявил в интервью НТВ, что в 2004 году российские спецслужбы предотвратили в общей сложности более 500 терактов. По его словам, около 200 из них «имели бы серьезный резонанс в обществе». 12 мая 2005 г., выступая в Госдуме, сказал, что ФСБ арестовала организаторов и исполнителей террористических актов в метро, у станции «Рижская», в электропоездах в Минеральных Водах, на остановках общественного транспорта в Воронеже и Краснодаре. Утром 10 июля доложил президенту В. Путину о ликвидации Шамиля Басаева (который, согласно альтернативной версии, подорвался сам вместе с КАМАЗом, на котором вез взрывчатку к месту теракта в Назрани). 20 июля Патрушев получил за это орден «За заслуги перед Отечеством» I степени. Он отрапортовал при этом: «Та война, которая была нам объявлена не только террористами, лидерами бандформирований, но и теми, кто поддерживал, финансировал, давал возможность лечиться (боевикам), она нами практически выиграна». Всего через два года, 29 марта 2010 г., в московском метро произошло два взрыва. Погибло более 40 человек. Меньше чем через год последовал взрыв в аэропорту Домодедово. Погибло еще 40 человек и более 130 были ранены.

Быть может, Патрушев бы и поставил новый рекорд бессменного пребывания на посту директора ФСБ, если бы не один его скандальный прокол. 8 апреля 2008 г. на заседании Национального антитеррористического комитета (НАК) Патрушев сообщил, что «бандиты и их сообщники в Южном федеральном округе прилагают усилия по идеологической обработке молодежи и пополнению своих рядов» и при этом пользуются поддержкой не только «эмиссаров зарубежных террористических и религиозно-экстремистских организаций». Информационную поддержку террористам «в немалой степени оказывают отдельные иностранные неправительственные организации»