Новгородское вече просуществовало до 1478 года, когда феодальная республика была присоединена к Великому княжеству Московскому.

Тогда крепости пришлось помериться силами не с иноземцами, а со своими же, русскими Иванами. Иваном Васильевичем Третьим «Великим» и Иваном Васильевичем Четвертым «Грозным». Оба Васильича сыграли в жизни Новгорода роль роковую, а в существовании независимой Новгородской республики – катастрофическую.

В 1470 году новгородцы достаточно грубо нарушили условия Яжелбицкого мира с Москвой. Этот договор они вообще не особо жаловали – он сильно подрывал их самостоятельность, в частности, не давал возможности вести независимую внешнюю политику. Итак, в 1470-м, после смерти архиепископа Ионы, новгородцы приняли посланников от Великого княжества Литовского, более того – нового кандидата в архиепископы отправили на утверждение не к московскому митрополиту, а к киевскому, ходившему тогда «под Литвой». Одновременно наметился союз с дряхлеющей, но все еще опасной Ордой. В Москве подобный маневр расценили как «предательство православия», и в 1471 году новгородское войско было разбито на Шелони.

Генеральное сражение решило исход кампании, новгородский посадник Дмитрий Борецкий и многие бояре были казнены, и на семь лет воцарился Коростынский мир, закреплявший положение Новгорода как неотъемлемой части Русской земли, подчиненной Великому князю, но… формально независимой. Дьявол, как говорится, в деталях, и эта «незавершенность», половинчатость договора оставляла пространство для политических интриг. К 1477-му они вылились в раскол – часть бояр, пользуясь поддержкой посадских (то есть налогоплательщиков), требовала безоговорочного присоединения к Москве; другая, большая часть, контролировавшая вече, требовала сохранения статус-кво и отказывалась признавать Ивана III государем. В ходе демократической вечевой дискуссии над сторонниками «промосковской партии» учинили физическую расправу, но те успели отправить Ивану III послов с описанием сложившейся политической ситуации. Иван Васильевич немедленно отправился на усмирение мятежа. Памятуя крах на Шелони, новгородцы выходить из города в чисто поле не стали, а подготовились к осаде и, вдохновляемые небезызвестной Марфой Посадницей (матерью Дмитрия Борецкого), попытались вступить в переговоры. Но Иван III понимал, что время полумер прошло – он и слышать не хотел о сохранении в строптивом городе какого-либо посадника или веча. В осажденном Новгороде начался голод, уцелевшие «промосковские» подняли головы – и в 1478-м горожане сочли за меньшее зло полностью подчиниться Москве.

Иван III не стал учинять массовых казней. Марфу Посадницу постригли в монахини. «Неблагонадежных» бояр расселили из Новгорода по другим русским землям. Вечевой колокол увезли в столицу.

Сто лет спустя четвертый Иван был не столь благодушен. Историки убеждены, что карательный поход на Новгород Грозный устроил, что называется, «на ровном месте», не имея реального повода. Донос некого бродяги Петра о новгородской «измене» был безоснователен и противоречив, и по здравому разумению следовало, конечно, казнить за поклеп самого бродягу, а не тысячи невинных людей. Но… то было время опричнины, было не до здравых разумений. Показательно разорив по пути Клин, Тверь и Торжок (в Твери Малюта Скуратов собственноручно удушил опального митрополита Московского Филиппа II, отказавшегося благословить карательную экспедицию), царское войско подошло к Новгороду. 2 января 1570-го город блокировали стрельцы, 6 января явился сам царь, 8 января, после неудачных попыток местного духовенства решить вопрос дипломатией, начались казни.