С XVIII в. церковная жизнь в Петербурге существенно влияла и влияет на развитие всей России и события в ней. По инициативе из Петербурга начался синодальный период истории Русской православной церкви, длившийся почти два века. По воле Петра I в 1720-х годах была проведена церковная реформа, Патриаршество было отменено, фактически главой Церкви вместо Патриарха стал император, была создана духовная коллегия, получившая название Святейшего Правительствующего Синода (государственное учреждение для управления церковными делами). Торжественное открытие Святейшего Синода состоялось в феврале 1721 г. в Петербурге. В 1723 г. Синод был утвержден всеми восточными патриархами, которые признали за ним все патриаршие права и именовали его в грамоте своим во Христе братом. Положение Синода в общем составе государственной администрации, как главы обширного государственного ведомства, было сравнимо с положением Сената. Представителем государя в Синоде стал обер-прокурор, назначенный из светских лиц. Созданием Синода Петр I подчинил духовную власть светской власти. В Синоде обер-прокурор был по инструкции 1722 г. «оком государя и стряпчим по делам государственным». Он наблюдал за всем ходом синодальных дел, выявлял в них недостатки, несовершенные решения, останавливал и доносил о них государю, делал Синоду предложения о необходимых мероприятиях, был плавным посредником между Синодом и государственной властью. Так, в истории Русской православной церкви на смену патриаршему (1589–1700) пришел синодальный (1721–1917) период. В 1742 г. была учреждена Санкт-Петербургская епархия. Постепенно возрастало значение Петербурга как сакральной столицы. В конце 1917 г. Патриаршество было восстановлено, церковной столицей стала, как прежде, Москва. (В 1925–1943 гг. советские законы и администраторы патриархов избирать не позволяли, был только местоблюститель Патриаршего престола, но в 1943 г. институт Патриаршества в стране был все-таки возрожден.)

Петербург стал своего рода кузницей по созданию патриархов. С конца 1917 г. абсолютно все патриархи Русской православной церкви в своем духовном утверждении имели тесное отношение к Петербургу-Ленинграду (учились в нем, имели церковную управленческую и педагогическую практику и др.), их духовное мужание связано с Петербургской епархией, их путь к Патриаршему престолу шел от Петербурга (Ленинграда).

Духовный регламент 1721 г. об отмене патриаршества и создании Святейшего Синода

Тихон (В.И. Беллавин, 1865–1925) в 1884–1888 гг. учился и окончил Петербургскую духовную академию, 1917–1925 гг. – патриарх, канонизирован Русской православной церковью в 1989 г. и Зарубежной русской православной церковью в 1981 г. Сергий (И.Н. Страгородский, 1867–1944) в 1886–1890 гг. учился и закончил Петербургскую духовную академию, с 1899 г. – инспектор и с 1901 г. ректор Петербургской духовной академии, с 1901 г. – епископ Ямбургский, викарий Петербургской епархии, с 1905 г. – архиепископ Финляндский и Выборгский, с 1912 г. – председатель Подсоборного совещания при Синоде и в 1913–1915 гг. – председатель Миссионерского совета при Синоде, с 1917 г. – митрополит Владимирский, с 1925 г. – заместитель местоблюстителя Патриаршего престола, с 1937 г. – местоблюститель Патриаршего престола, в 1943–1944 гг. – патриарх. Алексий I (С.В. Симанский, 1877–1970) с 1921 г. – викарий Петроградской епархии в сане епископа Ямбургского, в 1922 г. управлял Петроградской епархией, в 1928–1933 гг. – митрополит Ленинградский, в годы Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. находился в Ленинграде, с 1944 г. – местоблюститель Патриаршего престола, в 1945–1970 гг. – патриарх.