Способные на здравый анализ событий члены ВКП(б) постепенно осознали разрушительную воровскую сущность деятельности троцкистов по отношению в первую очередь к Русской православной церкви. Так, председатель ВЦИК М.И. Калинин в 1924 г. обратился с письмом в ЦК РКП(б) к его секретарю И.В. Сталину (Джугашвили, 1878–1953 гг.), в котором писал о необходимости нормализации отношений с религиозными организациями, писал, что «нарастает стремление захватить все большее количество храмов и обратно – растет сила сопротивления, нарастает раздражение широких масс верующих». Секретарь ЦК ВКП(б) И.В. Сталин осудил в 1923, 1933, 1939 гг. снос храмов, их недостойное использование, аресты священнослужителей, проектирование застройки на месте намечаемых к разрушению храмов (документы ВКП(б), по Карпову В.В., 2002, т. I, с. 89, 91, 97–99).
В Циркулярном письме ЦК РКП(б) № 30 «Об отношении к религиозным организациям» от 16 августа 1923 г. за подписью Сталина написано, что ЦК постановляет «воспретить закрытие церквей, молитвенных помещений… воспретить аресты “религиозного характера”, поскольку они не связаны с явно контрреволюционными деяниями “служителей церкви” и верующих…».
12 сентября 1933 г. Сталин подписал документ ВКП(б) за № 1037/19, гласивший: «ЦК считает невозможным проектирование застроек за счет разрушения храмов и церквей, что следует считать памятниками архитектуры древнего русского зодчества. Органы Советской власти и рабоче-крестьянской милиции ОГПУ обязаны принимать меры (вплоть до дисциплинарной и партийной ответственности) по охране памятников архитектуры древнего русского зодчества».
11 ноября 1939 г. Сталин подписал решение заседания Политбюро ЦК (протокол № 98 заседания от 11.11.1939), где, в частности, указывалось: «1) Признать нецелесообразной впредь практику органов НКВД СССР в части арестов служителей Русской православной церкви, преследования верующих. 2) Указание товарища Ульянова (Ленина) от 1 мая 1919 года за № 13666 – 2 “О борьбе с попами и религией” и все соответствующие инструкции ВЧК – ОГПУ – НКВД, касающиеся преследований служителей Русской православной церкви и православноверующих – отменить. 3) НКВД СССР провести ревизию осужденных и арестованных граждан по делам, связанным с богослужительной деятельностью. Освободить из-под стражи и заменить наказание на не связанное с лишением свободы осужденным по указанным мотивам, если деятельность этих граждан не нанесла вреда советской власти». В декабре 1939 г. Сталин потребовал от НКВД СССР отчета о результатах реализации в жизнь этого решения ВКП(б).
В годы Великой Отечественной войны (1941–1945) И.В. Сталин сполна осознал позитивную значимость Церкви для страны. В 1943 г. в Кремле состоялась встреча Сталина с митрополитами Сергием (И.Н. Страгородским), Алексием (С.В. Симанским), Николаем (Б.Д. Ярушевичем), в результате которой в нашей стране возродилось Патриаршество. Русской православной церкви разрешили открывать храмы и духовные учебные заведения, издавать журнал.
В 1970 – 1980-е гг. отношения советского государства и религиозных организаций стали более лояльными, а с конца 1980-х гг. начался ощутимый процесс улучшения взаимоотношений государства и религиозных конфессий. В 1988 г. в церковном и государственном масштабах праздновали 1000-летие Крещения Руси (принятие Православия), в 1989 г. отмечали 400-летие учреждения Патриаршества на Руси, а также 1100-летие официального принятия ислама и 200-летие образования Духовного управления мусульман России. Особенно активизировался процесс нормализации отношений государства и религиозных конфессий с 1990-х годов.