Епископ Игнатий (Брянчанинов). Портрет второй пол. XIX в.

В 1857–1897 гг. настоятелем монастыря был архимандрит Игнатий (Иван Васильевич Малышев, 1811–1898), духовный сын Игнатия Брянчанинова (с 1833 г. его келейник, по его настоянию был отправлен на учебу в Академию художеств), церковный художник и публицист. В 1842 г. И.В. Малышев был пострижен в мантию, в 1844 г. принял священный сан, поддерживал живших в «пустыне» двух его братьев. Он окончил кроме Духовной академии Императорскую академию художеств, написал для церкви Воскресения этой пустыни более 70 икон, при нем в пустыни возвели 50 зданий, жили 46 (1867 г.) – 50 монахов. Отец Игнатий (Малышев) в сотрудничестве с архитектором А.А. Парландом создал Воскресенский собор, или «Спас-на-Крови» в Петербурге; архимандрит Игнатий составил программу и эскиз собора.

В 1854–1859 гг. по проекту арх. А.М. Горностаева построили новый Сергиевский храм (освящен в 1860 г.), вмещавший 2 тыс. человек. Около алтаря этого сохранившегося храма находится могила А.М. Горностаева. В 1857 г. была построена церковь во имя Святителя Григория Богослова (арх. А.И. Штакеншнейдер); она сохранилась до наших дней, в 1994 г. ее вернули верующим. Были возведены въездные ворота с часовнями и братский корпус с надвратным храмом Св. Саввы Стратилата (заложен в 1859 г. по проекту Горностаева). В 1866 г. старую церковь во имя апостола Иакова перестроили и освятили как храм Воскресения Христова; именно для него Игнатий Малышев написал иконы (этот собор снесли в 1950–1967 гг.).

В конце XIX – начале ХХ в. при пустыни действовали церковно-приходская школа для 60 мальчиков, приют для малолетних мальчиков на 15 человек, богадельня для 15–20 престарелых женщин, амбулатория. Кладбище пустыни было одним из привилегированных в Петербурге. Здесь были погребены некоторые члены царского семейства (Петр Георгиевич Ольденбургский и члены его семьи, Дарья Константиновна Богарне-Опочинина и др.). Здесь был похоронен выдающийся дипломат, управляющий Министерством иностранных дел, вице-канцлер светлейший князь А.М. Горчаков (1798–1883 гг., недавно восстановлено надгробие).

В 1917 г. в обители жили почти 100 монахов (из которых выбирали судовых священников для русского военного флота) и до 70 вольнонаемных служащих. В монастыре было 7 храмов и 4 часовни.

Сергиевский храм

Воскресенский храм Троице-Сергиевой пустыни

После переворота 1917 г. пустынь терпела лишения. Часть принадлежавших ей строений занимали Школа военизированной охраны (с 1930 г.), детская колония со 194 воспитанниками (в 1923–1925 гг.). В 1930 г. Троицкий собор закрыли. Монастырь полностью закрыли в 1930 г. В 1937 г. расстреляли епископа Нарвского (с 1924 г.) Сергия (Дружинина, 1863–1937 гг.), который в предреволюционный период был настоятелем пустыни; со временем он был прославлен как новомученик (в 1981 г. канонизирован Русской православной церковью за границей). После переворота 1917 г. и национализации ценностей монастыря многие его богатства делись неизвестно куда, многие его святые реликвии пропали. В 1932–1933 гг. разобрали верх колокольни, в 1933–1935 гг. монастырское кладбище частично срыли, в 1936–1938 гг. надстроили Зубовский корпус, Сергиевскую церковь переделали под клуб, а Воскресенский собор – под физкультурный зал. В 1947 г. в пустыни разместили спецлагерь – исправительно-трудовую колонию для малолетних. Взорвали (1962) храм Живоначальной Троицы, снесли Воскресенский храм (в 1950–1967 гг.) и Покровский храм (в 1960-е годы). В 1964–1999 гг. в монастырском комплексе размещалась специальная школа милиции, для ее учебного плаца полностью уничтожили остатки монастырского кладбища. Но в 1993 г. пустынь возродилась. Главным строением монастыря является пятиглавый двухэтажный собор в честь Преподобного Сергия Радонежского (1854–1859).