Благовещенский храм стал усыпальницей царской семьи и родовитого дворянства. В нем были похоронены вдова царя Ивана V (правившего совместно с Петром I) Прасковья Федоровна, ее внучка правительница Анна Леопольдовна, любимая сестра Петра I – царевна Наталья Алексеевна, дети Петра I – Петр и Анна, первая супруга императора Павла I – Наталья Алексеевна, дочь Павла I – Ольга, дочери императора Александра I – Мария и Елизавета и некоторые другие высочайшие особы. В храме 34 года находилась могила императора Петра III, в 1796 г. ее по решению его сына императора Павла I перенесли в Петропавловский собор. В храме была похоронена грузинская царевна Дарья Георгиевна; до наших дней в Благовещенской церкви сохранился некрополь Грузинского царского дома. В храме есть захоронения Санкт-Петербургских архиепископов. В этом храме находится могила великого русского полководца А.В. Суворова, на белой мраморной плите выбита простая надпись: «Здесь лежит Суворов». В Благовещенском храме также были похоронены граф П.И. Ягужинский, фельдмаршалы В.В. Долгорукий, А.Г. Разумовский, А.М. Голицын, дипломат Н.И. Панин и другие видные государственные деятели России XVIII в.
С 1716 г., главным образом в 1722–1753 гг., построили главный соборный Свято-Троицкий храм (арх. Т. Швертфегер), но вскоре на нем появились трещины, стали оседать фундамент и стены. В 1755 г. по приказу императрицы Елизаветы Петровны этот собор разобрали. В 1776–1790 гг. по проекту И.Е. Старова был построен новый величественный Свято-Троицкий собор в стиле классицизма. Над внутренними росписями и убранством этого собора работали скульптор Ф.И. Шубин, художники И. Пинкетти, А. Анисимов, Ф. Давыдов. В 1783–1785 гг. Старов возвел главные ворота монастыря с надвратной церковью.
Монастырь быстро строился и богател. У него были 3 подворья в Петербурге, несколько подворий в Москве и Новгороде, он владел более чем 7 тыс. крестьянских дворов, соляными варницами, обширными землями в нескольких губерниях России.
Могила А.В. Суворова в Благовещенском соборе
Свято-Троицкий собор. Фото 1903 г.
В 1719 г. в этом монастыре создали первую в Петербурге типографию, в 1721 г. – Славянскую школу для детей от пяти до 13 лет, на ее основе в 1726 г. создали Александро-Невскую греко-латинскую семинарию, с 1788 г. – Главная семинария, преобразованная в 1797 г. в Александро-Невскую академию, она с 1809 г. называлась Санкт-Петербургской Духовной академией; в 1909 г. образовали музей – Древнехранилище (открыто было в 1910 г.).
С 1721 г. Александро-Невский монастырь был постоянной резиденцией Новгородского архиепископа. После учреждения Свято-Петербургской епархии в 1742 г. монастырь возглавил местный первосвятитель – епископ, а с 1783 г. – митрополит Петербургский и Новгородский, в этом монастыре разместилась его резиденция. В 1797 г. по указу императора Павла I монастырь получил статус Лавры (официально признанный особо привилегированный монастырь). Александро-Невская лавра тогда стала считаться по степени значимости третьей в Российской империи (после лавр Киево-Печерской и Троице-Сергиевой).
С Александро-Невской лаврой была тесно связана, особенно в 1808–1816 гг., земная жизнь святителя Филарета.
Святитель Филарет, митрополит Московский и Коломенский (Василий Михайлович Дроздов, 1783–1867 гг., митрополичье служение с 1826 г.) – выдающийся церковный деятель, один из самых замечательных православных подвижников XIX в. Он родился в подмосковном г. Коломна в семье с давними церковными традициями, его отец был соборным диаконом этого города, а дед – священником. Юноша учился в Коломенской Духовной семинарии, затем – семинарии Свято-Троицкой Сергиевой лавры, которую закончил в возрасте 20 лет, потом преподавал в ней. В возрасте 25 лет он стал монахом; иеродиакона Филарета вызвали (1808) в Петербург для преподавания в духовных учебных заведениях. Он стал инспектором, а со временем – ректором Александро-Невского Духовного училища.