16 октября 1604 г. Самозванец с полками у литовской границы. Он понимает, что зарвался в жажде мщения, и теперь на родную землю под его предводительством идут враги. Он успокаивает совесть: «Но пусть мой грех падёт не на меня – А на тебя, Борис-цареубийца!»

На заседании царской думы речь идёт о том, что Самозванец уже осадил Чернигов, а самое страшное, что слух о Самозванце вызвал «тревогу и сомненье», «на площадях мятежный бродит шёпот». Шуйский вызывается самолично успокоить народ, раскрыв «злой обман бродяги».

21 декабря 1604 г. войско Самозванца одерживает победу над русским войском под Новгород-Северским.

Площадь перед собором в Москве. В соборе только что закончилась обедня, где была провозглашена анафема Григорию, а теперь поют «вечную память» царевичу Димитрию. На площади толпится народ, у собора сидит юродивый Николка. Мальчишки его дразнят и отбирают копеечку. Из собора выходит царь, и Николка жалуется ему: «Николку маленькие дети обижают ‹…› Вели их зарезать, как зарезал ты маленького царевича». А потом, в ответ на просьбу царя молиться за него, бросает ему вслед: «Нет, нет! нельзя молиться за царя Ирода – Богородица не велит».

Войско Лжедимитрия начисто разбито у Севска, но он вновь собрал силу и угрожает уже с другой стороны. Борис хочет поставить воеводой Басманова. Однако внезапно его поражает недуг: «На троне он сидел и вдруг упал – / Кровь хлынула из уст и из ушей».

Умирающий Борис просит его оставить наедине с царевичем. Горячо любя сына и благословляя его на царствование, Борис стремится всю полноту ответственности за содеянное взять на себя: «Ты царствовать теперь по праву станешь. Я, я за все один отвечу Богу…»

После напутствия царя сыну входят патриарх, бояре, царица с царевной. Умирающий Годунов берет крестную клятву с Басманова и бояр служить Феодору «усердием и правдой».

Ставка. Басманов, высоко вознесённый Феодором (он «начальствует над войском»), беседует с Гаврилой Пушкиным. Тот предлагает Басманову от имени Димитрия «дружбу» и «первый сан в Московском царстве», если воевода провозгласит Димитрия царём. Басманов колеблется.

Москва. Пушкин на Лобном месте обращается к «московским гражданам» от царевича Димитрия с призывом покориться «законному владыке». После него на амвон поднимается мужик, бросая в толпу клич: «Народ, народ! в Кремль! в царские палаты! / Ступай! вязать Борисова щенка!» Толпа несется с криками: «Да гибнет род Бориса Годунова!»

Кремль. Дом Бориса взят под стражу. У окна дети Бориса – Феодор и Ксения. Толпа, которая собралась под окнами, жалеет детей царя: «бедные дети, что пташки в клетке», «отец был злодей, а детки невинны». Тем сильнее нравственное потрясение людей, когда после шума, драки, женского визга в доме на крыльце появляется боярин Мосальский с сообщением: «Народ! Мария Годунова и сын её Феодор отравили себя ядом. Мы видели их мёртвые трупы. (Народ в ужасе молчит.) Что ж вы молчите? кричите: да здравствует царь Димитрий Иванович! Народ безмолвствует».