Войско обвиняло Бородина: 1) в удержании за два года пороха и свинца; 2) в невыдаче денежного и хлебного жалованья; 3) в определении в войско сверх положенного числа старшин своих родственников; 4) в дозволении участвовать в рыболовстве таким лицам, которые в казачью службу не употребляются; 5) в излишних денежных сборах[18]; 6) в отдаче сызранским купцам, без общего согласия, на откуп кабаков; 7) в невзыскании по указу Камер-коллегии с астраханского купца Туркина за содержание в войсковых дачах рыбных ватаг 4000 руб., коим срок давно уже прошел; 8) в собрании «наглостью своей» с казаков, бывших в командировке, 4000 руб.[19], из коих в 3000 руб. признался, но платежа не учинил, и не признался в тех деньгах, которые взял с казаков, бывших в Гурьевском городке; 9) в непорядочной ловле рыбы в зимние месяцы, под видом отправления к высочайшему двору, в разбивании лучших ятовей и в употреблении той рыбы в свою пользу; 10) в том, что родственники атамана в зимнее время берут для рыболовства не служащих в казачьей службе людей и Бородин раздаст им свои ярлыки с печатями на право рыбной ловли.

В заключение своей челобитной казаки просили дозволить им от каждых ста человек выбрать поверенных таких, которые хорошо знают «существо дела», допустить Логинова к присутствованию в войсковой канцелярии и назначить его депутатом в следственную комиссию; Бородина отрешить ото всех дел и на место его определить наказным атаманом надежного человека по выбору самих казаков. Вместе с тем войско ходатайствовало и о смене генерал-майора Брахвельда и всех членов комиссии и о присылке новых лиц, обязуясь указать последним, в чем именно подозрительными находятся Брахвельд, капитан Киреевский и прапорщик Иглеин.

В феврале 1763 года Ульянов и Копеечкин прибыли в Москву и 13-го числа были введены в присутствие Военной коллегии, где изложили все злоупотребления Бородина и членов следственной комиссии. Они говорили, что комиссия явно покровительствует атаману и старшинам, что она не приступала к поверке приходо-расходных книг и не брала их у атамана; что когда казак Кузнецов подал донесение о растрате Бородиным пороха и свинца и просил освидетельствовать запасы, то Брахвельд возвратил ему бумагу безо всякого ответа и не сделал никакого распоряжения. Ульянов и Копеечкин убедительно просили защитить казаков и удовлетворить их просьбам, изложенным в прошении.

Одновременно с этим получено было прошение киргиз-кайсацкого Нуралы-хана, жаловавшегося, что Бородин притесняет его подвластных и причиняет им разорения. Императрица написала на прошении хана: «Если впрямь оный атаман беспокойный человек, то лучше бы было его сменить» – и передала это дело на рассмотрение Военной коллегии.

Последняя не признала возможным допустить Логинова к присутствованию в следственной комиссии и не дозволила выбрать от каждой сотни двух человек депутатов, а предоставила каждому казаку, самому за себя, представлять о своих обидах. «Но дабы то следствие, по дальнему отсюда расстоянию, в переписках долговременно продолжиться не могло… а паче в рассуждении того, чтобы по легкомыслию то войско, яко люди недовольно право знающие, не учинили бы между собой каких нечаянных ссор», коллегия, в заседании И марта 1763 года, определила отозвать генерал-майора Брахвельда и всех членов комиссии из Яицкого городка. На место Брахвельда командирован был находившийся при монетной экспедиции генерал-майор Иван Потапов, в помощь которому назначены: войсковой атаман Оренбургского войска Могутов, того же войска один надежный старшина, один штаб-офицер, два обер-офицера и аудитор из Оренбургского гарнизона.