Реабилитация психически больных как системная деятельность предусматривает три последовательных этапа проведения: восстановительная терапия, реадаптация, реабилитация в прямом смысле слова, каждый их которых имеет свои конкретные цели и задачи. Каждому этапу реабилитации соответствует та или иная предпочтительность (и соотношение) биологических и психосоциальных воздействий. Обычно первые идут от этапа к этапу по убывающей степени, а последние, напротив, вытесняют и солидаризируются с первыми. На третьем, завершающем, этапе реабилитации особое значение придается изменению (нормализации) отношения к больному и в связи с этим проблемам комплайенса и стигматизации. Разработанная схема этапов реабилитации дает еще более широкие возможности для понимания реабилитации как динамической системы взаимосвязанных компонентов (медицинских, психологических, социальных), направленной на достижение определенной цели. С этих позиций М. М. Кабанов предлагает рассматривать реабилитацию как «диффузную» систему, так как при изучении таких систем необходимо учитывать взаимовлияние множества различных факторов.

Таким образом, реабилитация рассматривается с системных позиций как интегративный подход к больному человеку, как «арена системной деятельности», где участниками взаимодействия являются человек (как организм и как личность), сам по себе являющийся «открытой системой», и окружающая его социальная и биологическая среда. Объединение медицинской, психологической и социальной модели в системной концепции реабилитации является особой методологической установкой, дающей возможность избегнуть альтернативности (биологическое или социальное) в подходе к человеку, страдающему тем или иным недугом, и открывающей большую возможность правильного понимания целей и задач профилактики и лечения. Формируясь, концепция реабилитации психически больных, в свою очередь, формировала один из самых существенных этических принципов в медицине и медицинской психологии – интерес и уважение к человеку, к правам личности.

Одним из основных направлений использования системного подхода в медицине (в частности, в психиатрии) и медицинской психологии является функциональный диагноз, позволяющий рассматривать в единстве болезнь, личность и ситуацию в их влиянии на уровень и возможности компенсации болезненных проявлений и адаптации больного в обществе.

Функциональная диагностика, уходящая корнями в эпоху становления отечественной психиатрии и нозологии, получила значительное развитие в связи со становлением реабилитационного направления в психиатрии. Функциональный диагноз, рассматривающий в единстве болезнь, личность и социальную адаптацию, позволяет в системном виде (в виде интегрированного взаимодействия отдельных элементов) представить основные «мишени» реабилитации – биологические, психологические и социальные качества больного. Он также, в силу своей многосторонности и многоуровневости, служит системной основой для реализации основных принципов (партнерства, разносторонности, единства, ступенчатости) и этапов (восстановительная терапия, реадаптация, реабилитация) реабилитационного процесса.

В историческом плане основой функционального направления в диагностике стало традиционное теперь в клинике представление о необходимости лечить не болезнь, а больного, выдвинутое на заре зарождения нозологии и сформулированное Г. А. Захарьиным в виде двойственного диагноза – diagnosis morbi et diagnosis aegroti, т. е. диагноза болезни и диагноза больного.