Со временем разложение иосифлянской церкви стало столь значительным, что в ее жизнедеятельность вынужден был вмешаться Иван Грозный. В период своего царствования он произвел ряд церковных реформ, проникнутых нестяжательским духом в виде ста глав приговора собора, получившего название Стоглавого, или Стоглава (Православие во времена Ивана Грозного.//mirznanii.com/a/340256/ pravoslavie-vo-vremena-ivana-groznogo/). Эти реформы предусматривали унификацию церковных обрядов (в разных землях наметились мелкие различия в порядке церковной службы), принятие мер по улучшению нравов духовенства в целях повышения его авторитета, обсуждение морального состояния служителей церкви, проблемы церковного землевладения и привилегий церкви. Он официально узаконил под страхом анафемы двуперстное сложение при совершении крестного знамения и «сугубую аллилуйю». На эти решения позднее ссылались старообрядцы в оправдание своей приверженности старине. Продажа церковных должностей, взяточничество, ложные доносы, вымогательства стали столь распространенными в церковных кругах (выдел. авт.), что Стоглавый собор вынужден был принять ряд постановлений, несколько ограничивающих произвол как высших иерархов по отношению к рядовому духовенству, так и последнего по отношению к мирянам. Собор резко осудил настоятелей, которые растащили монастырские богатства, разврат в монастырях, пьянство духовенства (выдел. авт.). Принятие единого пантеона святых способствовало преодолению местного сепаратизма в церковной организации. Царя и его окружение волновало, «достойно ли монастырям приобретать земли, получать различные льготные грамоты». По решению собора прекратилось царское вспомоществование монастырям, имевшим села и другие владения. Стоглав запретил из монастырской казны давать деньги в «рост» и хлеб в «насп», т.е. – под проценты, чем лишил монастыри постоянного дохода.

Иосифляне встретили программу, изложенную в царских реформах, ожесточенным сопротивлением. Гнев Ивана IV обрушился на наиболее видных их представителей. 11.05.1551 г. (т.е. через несколько дней после завершения собора) была запрещена покупка монастырями вотчинных земель «без доклада» царю. У монастырей отбирались все земли бояр, переданные ими туда в малолетство Ивана (с 1533 г.). Тем самым был установлен контроль царской власти над движением церковных земельных фондов, хотя сами по себе владения остались в руках у церкви. Церковь сохраняла свои владения и после 1551 г.

Кстати, при первом Патриархе России Иова (в пику Ивану Грозному) в 1579 г. Волоцкого Иосифа причислили к лику святых. А 07.12.2009 г. по благословению уже нынешнего Патриарха Кирилла Иосиф Волоцкий был объявлен покровителем православного предпринимательства и хозяйствования (Кирилл-Гундяев подытожил главный смысл церковной деятельности Иосифа).

Однако реформы Ивана Грозного мало что изменили в идеологической сущности церкви, что особенно ярко проявилось во времена смутного времени. В 1604 году, когда Лжедмитрий I – Гришка Отрепьев (предположительно, бывший вассал Романовых; по мнению А.В.Пыжикова, совместный продукт Варшавы, запорожско-приднепровского казачества, а также «пятой колонны» в лице литовско-украинской, московской боярской и церковной элит), двинулся на Россию, его в Туле встречал Рязанский архиепископ Игнатий. Он первым из церковников публично приветствовал новоявленного «государя», за что был избран и поставлен в 1605 году новым Патриархом Московским и всея Руси на архиерейском соборе (А.А.Булычев. Православная энциклопедия. Церковно-научный центр «Православная энциклопедия». М. 2009, т. XXI, с.110-113, с.752).