Деятельность специализированных прокуратур основана на общих для органов прокуратуры принципах; они руководствуются теми же законами, что и территориальные прокуратуры; перед ними стоят общие для всех органов прокуратуры задачи; они используют те же средства прокурорского реагирования на выявленные нарушения закона. Однако в их системно-структурном построении, а также в объектах и предмете надзора за исполнением законов есть некоторые особенности и свойственная им специфика.

Прокуроры специализированных прокуратур, имеющих статус и полномочия прокуратур субъектов Российской Федерации, назначаются на должность и освобождаются от должности Президентом РФ, остальные – Генеральным прокурором РФ, подчинены и подотчетны вышестоящим прокурорам и Генеральному прокурору РФ.

Транспортные прокуратуры осуществляют надзор за исполнением законов администрациями предприятий и учреждений железнодорожного, воздушного, морского и речного транспорта по вопросам безопасности движения, соблюдения прав человека и гражданина, а также органами таможни и внутренних дел на транспорте.

Транспортные прокуратуры действуют на правах прокуратур субъектов Российской Федерации (крупные прокуратуры), либо районов и осуществляют свои полномочия, касающиеся исполнения законов о безопасности движения на воздушном, речном (морском) и железнодорожном транспорте.

Транспортные прокуроры (на правах прокуроров субъектов Российской Федерации) осуществляют (п. 3 Приказа Генерального прокурора РФ от 07.05.2008 № 84 (в ред. от 12.04.2017) «О разграничении компетенции прокуроров территориальных, военных и других специализированных прокуратур»):

• надзор за исполнением законов, соблюдением прав и свобод человека и гражданина в сфере деятельности железнодорожного, воздушного и водного транспорта, в таможенной сфере территориальными органами федеральных органов исполнительной власти, в том числе органами таможни и внутренних дел на транспорте, органами власти субъектов Российской Федерации и местного самоуправления, их должностными лицами, органами управления и руководителями коммерческих и некоммерческих организаций, а также за соответствием законам издаваемых ими правовых актов;

• надзор за исполнением законов, соответствием законам издаваемых правовых актов подразделениями Следственного комитета Российской Федерации на транспорте;

• надзор за исполнением законодательства о противодействии коррупции в органах и учреждениях, действующих на транспорте и в таможенной сфере;

• надзор за исполнением законов при приеме, регистрации и разрешении сообщений о преступлениях, совершенных на полотне железной дороги, железнодорожных станциях, вокзалах, платформах, аэродромах, пристанях, причалах, в речных, морских портах и аэропортах, подвижном составе железнодорожного транспорта, на воздушных судах и судах водного транспорта, иных объектах железнодорожного, воздушного и водного транспорта, о преступлениях против безопасности движения и эксплуатации железнодорожного, воздушного и водного транспорта, независимо от форм собственности и ведомственной принадлежности (за исключением объектов Министерства обороны и оборонно-промышленного комплекса), о преступлениях, совершенных по службе работниками территориальных органов федеральных органов исполнительной власти на железнодорожном, воздушном и водном транспорте, органов внутренних дел на транспорте и таможенных органов, а также за законностью осуществления оперативно-розыскной деятельности, дознания и следствия по преступлениям указанной категории органами внутренних дел на транспорте, отделами собственной безопасности «Центр», «Запад», «Юг», «Кавказ», «Урал», «Приволжье», «Сибирь», «Восток» Регионального управления собственной безопасности ГУСБ МВД России, таможенными органами, подразделениями Следственного комитета Российской Федерации на транспорте;