• интеграция всех результатов разработки происходит в конце процесса, вследствие чего интеграционные проблемы дают о себе знать слишком поздно;

• невозможность ознакомления пользователей и заказчика с вариантами системы во время разработки. Тем самым они не могут повлиять на процесс создания системы, и поэтому увеличиваются риски непонимания между разработчиками и пользователями/заказчиком;

• неустойчивость модели к сбоям в финансировании проекта или перераспределению денежных средств (начатая разработка фактически не имеет альтернатив «по ходу дела»).

Однако данная модель продолжает использоваться на практике для небольших проектов или при разработке типовых систем, где итеративность не так востребована. С ее помощью удобно отслеживать разработку и осуществлять поэтапный контроль за проектом. Эта модель также часто используется в офшорных проектах (от англ. offshore – вне берега, в расширенном толковании – вне одной страны) с почасовой оплатой труда. Водопадная модель вошла в качестве составной части в другие модели и методологии, например в MSF.