Вскоре, 10 ноября 1764 года, состоялся указ об уничтожении гетманства. Такой исход событий следовало предугадать: Екатерина II постоянно стремилась к уменьшению и уничтожению политической самостоятельности всех окраин, в том числе и Малороссийской. После упразднения гетманства граф Разумовский удостоился чина генерала-фельдмаршала и получил множество имений в Малороссии.

Ну а спустя чуть больше десяти лет, в 1775 году, было упразднено и Запорожское казачество. В Манифесте Екатерины II «Об уничтожении Запорожской Сечи и о причислении оной к Новороссийской Губернии» указывались как поводы, так и причины, по которым императрица вынуждена была пойти на этот шаг.

В шести пунктах приводились инциденты с нападениями запорожцев на земли поселенных полков Новороссии и Войска Донского, учитывались материальный ущерб от этих нападений и количество насильственно перемещенных лиц. Указывалась и причина подобных действий со стороны запорожцев: их притязания на земли, отошедшие к Российской империи по результатам войны с Турцией (1768-1774 гг.) и заселение этих территорий крестьянами, которые не пополняют ряды казацкого войска, а просто работают на него. Особо отмечалось, что подобные злоупотребления усилились в последнее десятилетие, т.е. в период лидерства на Сечи кошевого атамана Калнышевского, хотя его имя напрямую и не упоминалось.

Из текста документа следует, что правительство видело серьезную политическую проблему в том, что Сечь переходит к новой для себя социально-экономической модели: «Заводя собственное хлебопашество расторгали они тем самым основания зависимости их от Престола Нашего и помышляли конечно посреди отечества область совершенно независимую под собственным своим неистовым управлением…». Следующая причина ликвидации Сечи, указанная в манифесте, состояла в том, что свободная торговля с Портой, которая, была одним из достижений Кучук-Кайнарджийского мира, и, по словам Екатерины, вызывала зависть всей Европы, из-за агрессивных действий запорожцев подвергалась постоянному риску. Кроме того, во вводной части манифеста объяснялось, что корнем всех проблем, возникавших у Империи с запорожцами, является «одичание запорожцев», которые возвели в закон необходимость службы без семей и принимали «в свое худое общество людей всякого сброда». От этого проистекали основные прегрешения запорожцев – разбой, пьянство и невежество.

Из этого текста можно сделать вывод о том, что Сечь, в той форме, в которой существовала в последние десятилетия своего, была преградой для реализации основных целей политики Российской империи в Северном Причерноморье: колонизации региона и прямой и безопасной торговли со Средиземноморьем. Достижение этих целей должно было компенсировать дорогостоящие и кровопролитные войны с Османской империей, а значит все, что этому препятствовало, также подлежало ликвидации. Впрочем, в  манифесте изложены не столько глубинные причины, сколько поводы к ликвидации Сечи и идеологическое обоснование этой акции. Однако понять эти причины невозможно вне широкого контекста внутренней и внешней политики Екатерины.