В октябре в Дейр эз-Зоре формируется первое вооружённое подразделение «Батальон Омара бин Хаттаба». Уже повстанцы, а не протестующие, совершают серию нападений на военные блокпосты. К началу 2012 формируются еще два батальона – батальон «Усмана бин Афрана» и батальон «Мухаммада». К ноябрю в городе появляются первые отряды «Свободной сирийской армии» созданные из дезертировавших солдат и офицеров. Сопротивление переходит на более высокий уровень. «Молотовы» и протесты сменяют пули и засады.

В марте 2012 происходит первое крупное сражение. В районе Русафа группа из 42 повстанцев была заблокирована солдатами в одном из домов. В бою гибнет половина повстанцев, остальные разбегаются. Поражение порождает жажду мести. Атаки повстанцев выходят за границы города. Неспокойно вокруг городов Абу Камаль и Маядин. Из Турции и Ирака начинают приезжать добровольцы, ввозится оружие. Благо еще со времен войны в Ираке на востоке Сирии существовали целые подпольные сети, занимающиеся переправкой через границу всего, что необходимо для сопротивления. Этими же маршрутами летом 2011 года сначала в Хасаку, а после и в Дейр эз-Зор приезжает группа «туристов» во главе с военным амиром «Исламского государства Ирака» в Ниневии, сирийцем по происхождению и исламистом по убеждению Абу Мухаммадом аль-Джолани. В январе 2012 он анонсирует создание «Фронта победы сирийского народа». Организация с таким около-левацким названием в мире стала более известна как «Джабхат ан-Нусра» (здесь и далее – организация, запрещенная в РФ), отделение «Аль-Каиды» (здесь и далее – организация, запрещенная в РФ) в Сирии.

Хотя с переходом в лагерь восставших дезертировавших военных общий уровень сопротивления качественно вырос («вместо коктейлей появились автоматы»), командование «Свободной сирийской армии» и местные лидеры многочисленных «батальонов» и «бригад» не могли эффективно сопротивляться правительственным войскам. Давала о себе знать разобщенность. Всего в Дейр эз-Зоре на конец 2012 года действовало до 20 вооруженных организаций и групп13. Созданный вроде бы как для того, чтобы координировать действия повстанцев местный «Революционный совет» занимался в основном гуманитарными вопросами, а в дела военных не лез. Все это негативно влияло на эффективность боевых операций. Все большее внимание повстанцев стали привлекать небольшие группы хорошо дисциплинированных и обученных бойцов радикальных религиозных организаций (в особенности «Джабхат ан-Нусры»). Поначалу эти люди старались не вмешиваться во внутренние разборки в городе. Радикалы втихую собирались на окраинах, создавали свои лагеря в сельской местности, копили оружие и тренировали иностранных добровольцев. Иногда, по просьбе повстанцев, помогали им в операциях. В бою радикалы были на голову выше кадровых военных, давал о себе знать опыт войн в Афганистане и Ираке. Это не могло не привлекать других. Очень хорошо процесс перехода власти к радикалам описал один из бывших бойцов «ССА», позже ставший местным командиром отряда «Джабхат ан-Нусры». Когда перед отрядом «ССА» была поставлена задача выбить правительственных солдат из бывшей швейной фабрики в Мухасине, небольшом городке южнее Дейр эз-Зора, они вначале попытались сделать это самостоятельно.

После нескольких неудачных попыток, бойцы «ССА» обратились к находившимся неподалеку бойцам «Аль-Каиды» за помощью. Те особо не раздумывая вызвали из Дамаска «специалиста по разблокированию», который всего за 100 тыс. сирийских фунтов (в 15 раз дешевле) соорудил бомбу – грузовик с 2 тоннами взрывчатки. Группа из 10 солдат (в 20 раз меньше) смогла провезти грузовик на фабрику и удаленно подорвать его. Солдаты бежали из Мухасина.