Кишечник у доношенных новорожденных уже не стерильный, и бактерии, присутствующие в нем, также присутствуют в амниотической жидкости, влагалище и полости рта. Дальнейшее заселение микрофлоры происходит во время родов. В случае естественных родов желудочно-кишечный тракт новорожденного содержит бактерии, которые живут в желудочно-кишечном тракте и влагалище матери. Например, Lactobacillus spp. являются доминирующими колонизаторами при вагинальных родах. Тогда как у новорожденных, рожденных путем кесарева сечения, бактериальная флора содержит бактерии, населяющие кожу матери, поэтому у них меньше бактерий типа Bifidobacterium и Bacteroides и больше патогенных Enterococcus, Enterobacter и Klebsiella. Вот почему так важен контакт с материнским телом ребенку сразу же после рождения.

В дальнейшем основным фактором, модулирующим микробиоту кишечника младенцев становится кормление. В первую неделю жизни в микробиоме кишечника доношенных детей доминируют Actinobacteria, Proteobacteria, Bacteroides и Firmicutes (в меньшей степени), тогда как у недоношенных детей это в основном бактерии родов Firmicutes и Tenericutes, а также Actinobacteria (в меньшем количестве). У детей на грудном вскармливании отмечено доминирование Bifidobacterium spp. Напротив, более разнообразная микробиота, которая исключает доминирование Bifidobacterium spp., была замечена у детей, находящихся на искусственном вскармливании.

Затем состав микробиома динамически меняется, пока не достигнет относительно зрелого равновесия примерно в возрасте 3 лет. До этого времени структура микробиоты очень нестабильна и реагирует на изменения в рационе, например на введение твердой пищи, на лекарства или заболевания. Созревание микробиоты кишечника на ранних этапах жизни человека влияет на рост клеток кишечника и на формирование иммунитета посредством метаболитов микробов.

В возрасте от 3 до 5 лет микробиота считается полной. Состав относительно постоянен, но при этом эксклюзивен для хозяина, поскольку становится похожим на микробиоту взрослого человека. На протяжении всей жизни микробный состав будет постоянным, но все же продолжает зависеть от особенностей питания, окружающей среды, образа жизни, приема лекарств, возраста и состояния здоровья.

У людей старше семидесяти разнообразие микробиоты меняется в сторону с низким уровнем Bifidobacterium и высоким уровнем Clostridium и Proteobacteria.

Микроорганизмы показывают четкую дифференциацию в разных отделах желудочно-кишечного тракта, что в основном связано с кислотностью окружающей их среды и наличием кислорода.

Проходя по нашему желудочно-кишечному тракту проглоченные микробы выбирают для поселения комфортную привлекательную им среду в зависимости от её кислотности (pH) и наличия кислорода. Тонкий кишечник предпочитают заселять Proteobacteria (Enterobacteriaceae), а в толстом кишечнике в большем количестве обнаружены Bacteriodetes (Bacteroidaceae, Prevotellaceae и Rikenellaceae).

Streptococcus, Peptococcus, Bifidobacterium, Staphylococcus, Lactobacillus и Fusobacterium преобладают в полости рта, в то время как Helicobacter pylori, Lactobacillus, Streptococcus и Candida albicans наиболее распространены в желудке.

Bacteroides, Lactobacillus и Streptococcus доминируют в тощей кишке, Bacteroides, Clostridium, Enterococcus, Lactobacillus и Veillonella – в подвздошной кишке, в то время как Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria и Actinobacteria – в толстой кишке.