Отношение крестьян было тем более удивительным, потому что, в целом, у Церкви были глубокие корни в сельской местности, которую нелегко разбередить провокациями. Но власти ни в коем случае не могли на это рассчитывать: помимо проявлений бунтарства, о котором упоминалось ранее, постоянно происходила интенсивная утрата религиозных элементов крестьянства, переход от церкви к инакомыслию. Согласно более поздним оценкам, количество религиозных инакомыслящих в середине девятнадцатого века приблизился к десяти миллионам. Некоторых из них привлекало видение лучшей и более свободной жизни или по учениям мессианских пророков, или по дикой природе, или эмоциональные индульгенции хлыстов и маниакальных скопцов; другие были трезвыми евангелистами (штундисты, молокане, духоборы), чьё моральное поведение было совершенно неоспоримым; иные же сохранили разрозненные связи с православной церковью, но шли своими путями и преследовали свои собственные духовные идеалы. Жизнь многочисленных инакомыслящих имеют неоценимое значение для изучения Россия. Они были воплощением России в поисках Бога, правды и справедливости, самоотверженного, мужественного, неукротимого, и иногда очень упрямого. Все сектанты (включая старообрядцев) подвергались постоянным гонениям и дискриминациям со стороны Церкви и государства, хотя и антисектантские меры не всегда могли быть полностью осуществлены, потому что движения эти были в значительной степени подпольными. Попытки Церкви разобраться и конструктивно справиться с ситуацией, посылая специально обученных миссионеров, где борьба с инакомыслием (само собой разумеется, отвергаемая всеми миссионерами деятельность) была известна как наиболее болезненная история грубого и неэффективного духовного и физического запугивания – история, в которой плохие средства предотвращали достижение плохих целей.
В то время как при Александре I, а точнее, до окончания его правления, толерантный дух одержал победу над инакомыслящими и неправославными христианами в целом, энергичная кампания против свободы совести характеризовала всё последующее царствование, с коротким перерывом в ранние годы правления Александра I. Кампания приобретала все более политический оттенок и завершилась при Александре III систематическим уничтожением всего самовыражения, религиозного, культурного, и даже языкового, со стороны национальных меньшинств в составе Империи. Основополагающим принципом было то, что все русские, включая украинцев, должны принадлежать Православной Церкви, и что все служащие правительства, включая школу и преподаватели вузов, должны практиковать, общаться в этой церкви. В то же время, разрешение, которое до сих пор давалось нерусским, в частности полякам, исповедовать свою религию было отозвано, и любая попытка обратить православного в неправославные верования и обычаи стали преследоваться наказанием, вплоть до тюремного заключения или ссылки в Сибирь. Рядом с Дмитрием Толстым и Победоносцев – éminences grises14 последних трёх Романовых – ведущая роль в этом расширяющемся движении религиозной и национальной нетерпимости принадлежала Церкви, которая, таким образом, похоже, окончательно отменила все нравы и авторитет, и утратила свое духовное и интеллектуальное влияние. «Свобода совести» была объявлена выдающимся иерархом (Антонием Храповицким) как «бессмысленное понятие».
Было бы неправильно заключить, что Церковь была полностью бесплодной в своей интеллектуальной деятельности. Она имела тенденцию к созданию атмосферы, в которой любой, кто был в сознании, начинал задыхаться; это едва ли ни единственная в России человеческая группа, которая была столь юмористичной и столь тяжёлой, каковыми были семинаристы и большинство их репетиторов. Учебная программа в семинарии была плохая в интеллектуальном содержании, или то, что было заложено в основном его вороватой, догматическая, невоображаемой природой. Тем не менее, она обеспечила определенную умственную подготовку, особенно в классических языках, и любой, кто был наделен природой и выжил в вынужденном умственном запоре, мог перейти в любую из четырёх духовных Академий в Киеве, Москве, Санкт-Петербурге или Казани. Здесь академические стандарты были несравнимо выше, в некоторых отношениях, даже чем в университетах. В самом деле, Академии внесли заметный вклад в обучение в некоторых областях и подготовили России некоторых из величайших российских ученых, впоследствии в этих Академиях и преподававших. Области, в которых больше всего они отличались, были история, светская и церковная (имена Ключевского, Болотова, Голубинского известны даже за пределами России), археология, литургия, и, чуть с меньшей оригинальностью, метафизика. Но церковная цензура оказалась еще большим препятствием, чем политическая. Выдающийся историк Сергей Соловьев жаловался, что «более талантливые преподаватели Московской духовной академии были мучениками. Филарет позаботился о том, чтобы из их лекций и их записей были вычеркнуты все живые мысли, чтобы люди превратились в мумий».